| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287084 | 59 (0.550) | 4 (0.040) | 4/558 | 9.4 | 6.4% | noncoding (153/171 nt) | rttR | small RNA RttR |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 61 (0.610) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTA > NC_000913/1286787‑1287382 | gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAc < 2:326621/300‑1 (MQ=255) gctcacgtagcaCCTTGTTCGAAGCGCCTCATCCTTCCCCTCTTGTTCAGAATATTTGAGTATGGATTCGTTTGAGAGTTCCGGGGCTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGCTTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 2:660067/289‑1 (MQ=17) gagcAAGTCGAACTTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATGTGATTGCGTATTCGTGTGAGAATTCTGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 1:300639/297‑1 (MQ=17) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTNCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGNGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATACTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGATTTTTGAAAGTGGTGGTGGTGGGGGGAGGCTTACTCCgcgc > 2:597844/1‑300 (MQ=17) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGGTTGGGCAGAGTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTTCGGGGTTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAGGATTACTCCACGCTGCGCGTCTCGCCCTTCGGGTCGTTGCTTGCGGCAACGCCCT‑CTCGATGACGCCAGAGTCGAACCTTAGTCGACGCTTCTCCTCCTTACCCGCATGGGCAGAACATTTGATTGCAGATTCGCTCGAGC‑CCTCAGGGACTTCTGACAGCGGCGGTGGTTGGGGAAGGATTaacccatac > 2:305350/1‑292 (MQ=19) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGTATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:144663/300‑1 (MQ=255) aaCCTTGGTCTAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGTGCAGAATATTTGATTGCGNATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGANA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgc < 2:780919/300‑1 (MQ=255) ccgtgggcGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGCTTGGGCAAAATACTAAATTGCTGATTCGTTTTAGAATTCCGGTGCTTGCGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcgc < 1:480509/293‑1 (MQ=17) ggTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGCAGGAttctccccttcgaagcagctag > 2:544361/1‑280 (MQ=11) ctcacccttacacgcgttggcggAATATTTGATTGCGGATTCGTTTTAGAATTCCGTTGCTTTTGAAAGTGATTGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTc < 2:517901/278‑1 (MQ=18) cTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCGTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGcc < 1:776206/300‑1 (MQ=255) tagcaggcttctattatttatggaagcgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAc‑c < 1:792754/273‑1 (MQ=255) ttGAGAATTCTGGTGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CCCGCTGACGCTCGAGCCAAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGTGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAc‑cc < 1:298992/300‑2 (MQ=255) tggAAAGTGATGTTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCACGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGTATGGGCAGAATATGTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGACTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATc < 1:197135/298‑1 (MQ=17) ggAAATTGATGATGGTAGGGGAAGGACTACTTGTCGCTGCGCTCTTCGCCCTTCGGGGCGTTGCCTGCGGCAACGCTCG‑CTCGCTGCTGCTCCAGCCGAACTTTGGGCGAAGCTTCTTATCTTTACCCGCGTGGGCAGAATATGTGATTGCTGATTAGTGGGAGG‑TTTTAGGGATTTGGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATcc < 2:330410/299‑1 (MQ=2) tggtgatggTGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCACCCTTCGGGTCGTTGCCGTCTGCAATGTGTT‑CTCGTTGACGCTCGAGCCGAGCCTTGGTCTAAGCTTCTCATCCTTACCCGCGTGGGCAGAAGATGTGATTGCGGATTAGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTGGGAAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:179606/300‑1 (MQ=14) tggggtggtgggAAGGATTACTCATCGCTGCGTGCTTCGCCTTTCGGGGTGTTGCCTGCGGCGACGC‑CTGCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACTTTAGTCGAAGCGTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATGTGATTGCGGATTCGTGGGAGA‑GTTCAGGGACTTGGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:720352/291‑1 (MQ=14) gtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAAC‑CTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCgatga > 1:776019/1‑296 (MQ=14) gggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGTGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTAATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:30925/1‑300 (MQ=255) aaGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAatat > 1:59450/1‑300 (MQ=255) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGTAGAGTAttt > 1:199806/1‑300 (MQ=255) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt > 1:463732/1‑300 (MQ=255) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTAGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt > 1:645247/1‑300 (MQ=255) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCGTCGTGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCTAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTa < 1:490505/300‑1 (MQ=255) ttACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGAATGGGCAGAATATTTAAt > 1:14170/1‑300 (MQ=255) 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ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGa > 1:190302/1‑300 (MQ=255) ttACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTCATTCACATTTTGAGGTAGTGCTTGCGATGGTGGTGGGGGAAGGatta > 2:658773/1‑300 (MQ=255) | GCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAC‑CTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTA > NC_000913/1286787‑1287382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |