| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781222 | 57 (0.530) | 8 (0.100) | 6/446 | 7.0 | 14.0% | noncoding (76/76 nt) | lysY | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781445 = | 56 (0.700) | intergenic (+1/‑132) | lysZ/lysQ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGT‑AACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACG > NC_000913/780935‑781515 | cggtagtaaaacGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGGAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTCGTATCCCGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGTACCTACATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAAAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAACCACCAGTTTTAACATCa > 1:802758/12‑300 (MQ=18) gATGTTAAGCGTGTAGAATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTAGCAGGTTCGCATCCTGCACGCCCCACCAGTTTTAACCTCaca > 1:778471/1‑298 (MQ=255) gtgtAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTACTGACGGTGGGTCCGGCGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCACACTCAGA‑TGtc > 1:734676/1‑299 (MQ=255) gtgtAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTCTCCAGCGGAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTAGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTAAGTTGGTAGCGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTACACGACCCACCAGTTTTAACATCAACCTCAGC‑TGtt > 2:253472/1‑300 (MQ=21) gtgtAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACAAGTTTTAACATCAACCTCAGA‑CGtt > 1:654867/1‑300 (MQ=255) gtAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTaa > 1:529802/1‑300 (MQ=255) ggATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGCAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGATGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTAGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACTAGGGTCGTTAGCTAAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGttcaacg > 2:517522/1‑295 (MQ=255) ggATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCCGCACGAACCACCACTACTGACGTTAGGCTCGGTGGAAGTACTTTGCAGTCTCCATTGTAGTATCGGAT‑GACCAGCTTAGTTGGGAGAGCATCTACCTTACAAGGAGGGGGTATACGATTCGATCCCGCCACCAACCACCACCCAGGCCGTTAGCTAAGTTGGTAGATCAGTTGAGTTTTAATCAAGTGGTCGCCGGTTCGAATACTTCACGACCCACCAGCTTCACCATCAAACACAGA‑TGTTaggtg > 2:761673/1‑296 (MQ=255) gTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATACTGACGATAGGTTCGGTGGCAGTCTTTTGCCGTCTCCAACGCCATA‑CGGTTTGACCCTTCCAACTGGGCGAGCACCTCCCTTACACACATGTAATCGACCATGCGACCCAATCACCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGGTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAAAATCCACCTCAGA‑TGTTAATTGTGGAGGATAACg > 1:709170/1‑300 (MQ=9) ggCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAACCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGCTCGATCCCGTCATCAACCACCCCTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTAGCAGGTTTGAATCCTGCACGACACACCAGTTTTAACATCAAAATC‑GAGCGTTAAGTGTGAAGGAGAACGttcagccag > 2:136283/1‑293 (MQ=18) gcgagcgaAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCg > 1:642914/1‑300 (MQ=255) gaGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAACATCAGA‑TGGTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCAAGCAAAGGCACGTAGGgcgag‑cg > 2:475450/1‑300 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAANTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAgacgaagt > 1:571262/1‑299 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCAACAGTTTTACCATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGAATAACATTGCACCAGCAACGGCACGTAGGGCGag‑cgaagac > 2:138743/1‑298 (MQ=18) cGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGNAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGNGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATcc < 2:784710/300‑1 (MQ=255) aCCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCACGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTg > 1:233301/1‑300 (MQ=255) caccacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTGTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCAc < 1:196743/300‑1 (MQ=255) caccacTAATAACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCAc < 1:393041/300‑1 (MQ=255) ccacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGa > 1:675847/1‑300 (MQ=255) acTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCGTCCTGCACgcac > 2:255705/1‑297 (MQ=255) aacagTGGGTTCGGGGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GACTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCCTACAATGAGGGGGTCGGCGGTTCGACCCCGNCATCACCCACCCCCCGGTTAGTCAGCTTAGTTTGTAGAGCAGTCGAATTGGAAGCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCaa < 1:575828/296‑1 (MQ=14) gggTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAAtgtaaa > 1:90534/1‑295 (MQ=255) 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gcgtaGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCACCCCCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCACCGACCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCAAGTCCTCCTGCACGAACCACCCATCTTCAAGATTGGCCACAAGTCAAACTCTTTCAGGT‑a > 2:475533/5‑300 (MQ=11) gTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGT‑Aacac > 1:719831/1‑300 (MQ=255) tATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCTGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCANTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTTAAGGATAACGTTGCGCCAGCAATGGCCCGTAGTGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGT‑AACAcc < 1:600169/300‑1 (MQ=255) 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CAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGT‑GATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGA‑TGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGT‑AACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACG > NC_000913/780935‑781515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |