Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 398,494 | G→A | G208D (GGC→GAC) | yaiW → | surface‑exposed outer membrane lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 398,494 | 0 | G | A | 98.4% | 226.2 / ‑5.9 | 64 | G208D (GGC→GAC) | yaiW | surface‑exposed outer membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (37/26); total (37/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAACGGATGCACATTCCTGCTTTTCTGGTTCATACCGCGCTAAAAATCAAATCGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGGCGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAGCGGCGTGAAGCTGGCACTGGACGGTGATTTAATTCGTTACGACAGTAAAGAACCCGGGAAAACCGAACTGGCAACGCGCAAACTGGCTGCAAAACTGGGGATGAGCGACAGCGAAATTCGCCGTCAGTTAGAGAAAG > NC_000913/398202‑398769 | gAACGGATGCACATTCCTGCTTTTCTGGTTCATACCGCGCTAAAAATCAAATCGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGNTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTtg > 1:442222/1‑300 (MQ=255) gATGCACATTCCTGCTTTTCTGGTTCATACCGCGCTAAAAATCAAATCGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGtt < 1:289902/300‑1 (MQ=255) caTTCCTGCTTTTCTGGTTCATACCGCGCTAAAAATCAAATCGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTNTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTAc < 1:474766/300‑1 (MQ=255) ggTTCATACCGCGCTAAAAATCAAATCGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGaa > 2:560323/1‑300 (MQ=255) tACCGCGCTAAAAATCAAATTGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAACAATGGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTNGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATcc < 2:159999/300‑1 (MQ=255) atcaaatcGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGNGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGNCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAgc < 2:436224/300‑1 (MQ=255) atcaaatcGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAgc < 2:79007/300‑1 (MQ=255) caaatcGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAgcgc < 1:77326/300‑1 (MQ=255) cGCCAAACGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGa < 1:618830/300‑1 (MQ=255) aaCGGCAAAAGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATAc < 1:629172/300‑1 (MQ=255) 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aaGTTATAGCGAACGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATANCAAAGGGTATCAGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGACAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGc > 2:162831/1‑300 (MQ=255) aCGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACgc < 1:40422/300‑1 (MQ=255) cGGTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACgct > 1:26831/1‑300 (MQ=255) gTTAGATTCGGTGCGTACAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACgctgg > 1:212691/1‑300 (MQ=255) cAGAAAAGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGATCTGATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTa > 1:109147/1‑300 (MQ=255) aaaGCAATTGAGCGCGATTTTTGACGAGCTGATCAACATGGGGCCAATTGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGGTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGNAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAANTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGc < 2:433380/300‑1 (MQ=255) 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gATCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAg > 1:187491/1‑300 (MQ=255) tCAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAgcg > 2:390439/1‑300 (MQ=255) cAACATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAgcgg < 1:615437/300‑1 (MQ=255) cAACATGGGACCAAGGGGGCGGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATTCGGTGCGCACCGGTGGGCCAAGGCCGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTACCCGTGGAAAATGGACAGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGTTTGTGGTGTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTGCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAgcgg < 2:222192/300‑1 (MQ=255) aCATGGTGCCAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAgcggcg > 1:378004/1‑300 (MQ=255) cAATGGGGCAGACGCTGTTTGGTTCGCTCAANCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGNCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAGCGGCGTGAAGCTgg > 2:456476/1‑300 (MQ=255) 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taCGCTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAGCGGCGTGAAGCTGGCACTGGACgg < 2:307661/299‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTTCGCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAGCGGCGTGAAGCTGGCACTGGACGGTGAt > 1:2320/1‑300 (MQ=255) gCTCAATCCGGTGCGCACCGGTGGGCCGATGCAGGTCAGCATTGCTTTTGCCGAACAGCATACCAAAGGGTATCCGTGGAAAATGGACGGTACAGTCCGTCAGGAAGTCTTCAGTCGCCGCGACGGGTTGTGGTTTGGTACTTACCATTTACTGAATTATCCCGCCAGTTATAGCGCACCGATATACCGTTTTGCTGATTTTAACGCTGGCTGGTACGCCAGCCGTAATGCCGCGTTTCAGAACGCGGTCAGTAAGGCCAGCGGCGTGAAGCTGGCACTGGACGGTGATTTAATTCGTTa > 2:658675/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |