| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 357,285 | G→A | G372E (GGA→GAA) | codA → | cytosine/isoguanine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 357,285 | 0 | G | A | 98.2% | 211.2 / NA | 57 | G372E (GGA→GAA) | codA | cytosine/isoguanine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (28/28); minor base C (1/0); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCCAGCACACAACCGGCACAAACCACCGTATATCTGGAGCAGCCAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGTAGAGCACTGAACTCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTCCAGCCGCTGATCT > NC_000913/357004‑357580 | ggTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCATGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGCCAACCTGAt > 2:413910/1‑300 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ccacAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGCCAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCAAGCACACAACCGGCACAAACCACCGTATATCTGGAGCAGCAAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGCAGAGCACTGAACTCGTAg > 2:60688/1‑300 (MQ=255) cacaGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGAGTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGCCAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCCAGCACACAACCGGCACAAACCACCGTATATCTGGAGCAGCCAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGTAGAGCACTGAACTCGTAgg < 1:604597/300‑1 (MQ=255) caGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGCCAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCCNGCACACAACCGGCACAAACCACCGTANATCTGGAGCAGCCAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGTAGAGCACTGAACTCGTAGGcc < 2:443341/300‑1 (MQ=255) 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GGTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCCAGCACACAACCGGCACAAACCACCGTATATCTGGAGCAGCCAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGTAGAGCACTGAACTCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTCCAGCCGCTGATCT > NC_000913/357004‑357580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |