| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,176,042 | T→C | T33T (ACT→ACC) | tufB → | translation elongation factor Tu 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,176,042 | 0 | T | C | 98.8% | 274.8 / NA | 86 | T33T (ACT→ACC) | tufB | translation elongation factor Tu 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (44/41); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGTGCTGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATC > NC_000913/4175750‑4176336 | aTGTGCTGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCGGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGATGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTAc < 1:33269/300‑1 (MQ=255)aTGTGCTGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTAc < 2:649991/300‑1 (MQ=255)aTGTACTGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGTTAAGGTTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGTGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGATGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCGGCAATCACCACCGTAc < 2:17321/300‑1 (MQ=37) tgCTGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTgg > 1:155511/1‑300 (MQ=255) gATATAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCATGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCAACGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTaa > 2:121059/1‑300 (MQ=255) atatAGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTACTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATCTCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTATTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCACTCAACACCGTACTGGCTaaa > 2:253922/1‑300 (MQ=37) ataGCTTATTTGGTAAAGCACACCCTTGGTGAGGGTGAGGTCGGCAGTTTGAATCTGCCTGTCAGCGTCACTTCTTTTCTCTTTCTTTTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGTTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAGAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCTACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAAc < 2:119973/300‑1 (MQ=21) ataGCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCNTTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAAc < 1:440089/300‑1 (MQ=255) gCTCAGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGNTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATNTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAAACGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAAcata > 2:469976/1‑297 (MQ=255) aGTTGGTAGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATAACACCGATTTATCCGTGTCTTAGATGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTAcggc < 1:412384/300‑1 (MQ=255) 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agCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAGAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTgttgct > 2:141355/1‑300 (MQ=255) agCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCAATTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCCCGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTgctgct > 1:520492/1‑300 (MQ=255) gcgcACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTc < 1:211099/300‑1 (MQ=255) cacTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAAATACTCTGACCGTTGCAATTACCAACGTACTGGCTAAAAACTAAGGCGGTGTTGCTCGCGCa > 2:129906/3‑300 (MQ=37) tGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTCAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCAACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACAGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCCTTCg > 2:229895/1‑300 (MQ=37) tGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCACTTCTTTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCg > 1:35931/1‑300 (MQ=255) 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cttcttTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATCAcc > 1:364795/1‑300 (MQ=255) ttcttTTCTCCTCCCTTTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTATATTGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTTGGTACTATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGTAAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCa < 2:166894/300‑1 (MQ=18) ttcttTTCTCCTCCCTGTTTTTTCCTTCTGTTTATTGCATTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATTTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGATGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCACACGTTAACGTTGGTACGATCGGCCACGTTGACCACGGTAAAACTACTCTGACCGCTGCAATCACCACCGTACTGGCTAAAACCTACTGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCa < 2:269122/300‑1 (MQ=21) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |