Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,136,467 | 0 | A | C | 32.3% | 107.5 / 19.2 | 66 | E120D (GAA→GAC) | yijE | cystine exporter |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAGTTATAGCTGGATTTTCATGAAGCAAGTCACCAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGC > NC_000913/4136173‑4136765 | gAGTTATAGCTGGATTTTCATGAAGCAAGTCACCAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAAGGCCt > 2:381243/1‑300 (MQ=255) 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gAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGc > 1:602424/1‑300 (MQ=255) gAGCTATACCATGCAGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGc > 1:189766/1‑300 (MQ=255) ataCCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAGCGCCTGNGAAGTGGGCAGTATTTAGCGATTATGATTGCCGATTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGNTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTAc > 2:619213/1‑300 (MQ=255) ataCCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGACCGCCTTCTCATTAAACAATATTTCGCGGTTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTACGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTACCATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTAc > 2:218602/1‑300 (MQ=255) ataCCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTAc > 1:589428/1‑300 (MQ=255) ccATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTgg < 1:162825/300‑1 (MQ=255) 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GAGTTATAGCTGGATTTTCATGAAGCAAGTCACCAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGC > NC_000913/4136173‑4136765 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |