Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 480,295 | 2 bp→AA | coding (13‑14/219 nt) | hha ← | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 480,295 | 0 | G | A | 99.1% | 395.1 / NA | 115 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 480,296 | 0 | G | A | 100.0% | 401.0 / NA | 115 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (71/44); total (71/44) |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGATCACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGTTGATCGCCGAG > NC_000913/480005‑480586 || aGATCACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCgg > 1:661900/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |