| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,002,029 | G→A | D75N (GAT→AAT) | elfG → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,002,029 | 0 | G | A | 99.0% | 369.3 / ‑4.7 | 102 | D75N (GAT→AAT) | elfG | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (43/58); total (44/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAG > NC_000913/1001734‑1002319 | aTCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATAatta < 1:295746/300‑1 (MQ=255) 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ATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAG > NC_000913/1001734‑1002319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |