| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 999,933 | G→A | A240T (GCG→ACG) | elfC → | putative fimbrial usher protein ElfC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 999,933 | 0 | G | A | 98.7% | 278.6 / ‑4.6 | 79 | A240T (GCG→ACG) | elfC | putative fimbrial usher protein ElfC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (30/48); total (31/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACACCATTTACCAAACTTATGTATCGCCTGGTGCTTTTGAAATTAGTGATCTCTATTCCACGTCGTCGAGCGGTGATTTG > NC_000913/999638‑1000208 | gAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGACGGt > 1:227454/1‑300 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |