| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 431,516 | A→C | Y166* (TAT→TAG) | tsx ← | nucleoside‑specific channel‑forming protein Tsx |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 431,516 | 0 | A | C | 98.9% | 326.5 / NA | 91 | Y166* (TAT→TAG) | tsx | nucleoside‑specific channel‑forming protein Tsx |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (40/50); total (41/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGACCACCGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCATAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAGTGTCGATATCGGTACCCAGACCCATGTACCAGGTGCTCTGGCGACCATCTTTATTACGACCCATGTCGTAAATGTAGTTGTTCGCGAAGTACCACTCTTTGAACGGACCGAAGCTAAGGTCAGTATTGGTCAGCTTGTCGATGGAGAAACGTGGTTCGATTTCCATAAACAGCGGAGAACCGTGGTTCCAGATACCTTTAGCATCGGAGTTACCGCCGAAGAATACCGGCGCATCCGCATAACCATAGAAGTC > NC_000913/431223‑431803 | cACTGACCACCGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACg < 2:79251/300‑1 (MQ=255) gACCACCGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGCCCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCa > 1:128904/1‑300 (MQ=255) gACCACCGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCa > 1:455176/1‑300 (MQ=255) gACCACCGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACNCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGACTAGNCGTTCa > 2:621671/1‑300 (MQ=255) 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ccGTCGTGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCATCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGAc < 1:613606/300‑1 (MQ=255) ccGTCGNGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGANCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGAc < 2:631529/300‑1 (MQ=255) gtGCCAGTAACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACATGCt < 1:725341/300‑1 (MQ=255) 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aGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCACAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCAATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGcc > 2:204195/1‑300 (MQ=255) aCGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCNGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCNCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAgtg > 2:509322/1‑300 (MQ=255) cGACAGATTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGTTAATCTGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAgtgt < 2:581918/300‑1 (MQ=255) 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cAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCATTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAGTGTCGATATCGGTACCCAGACCCATGTACCa < 2:238570/300‑1 (MQ=255) gagCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAANCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAGTGTCGATATCGGTACCCAGACCCATGTACCAgg < 1:532205/300‑1 (MQ=255) gagCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGCACAAAGTATTTAATTTTGAAACGGTAACCGTCCCACTCGTTTTCGTTCGCTGCGCCATAGTTCTGCCACTGGTATTTCGCCTAGACGTTCATGGACAGGCTCATCGGCAGGCCAGTGTCGATATCGGTACCCAGACCCATGTACCAgg < 1:188736/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |