Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,981,153 | C→T | G89G (GGC→GGT) | yifK → | putative transporter YifK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,981,153 | 0 | C | T | 98.8% | 297.9 / NA | 82 | G89G (GGC→GGT) | yifK | putative transporter YifK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (44/37); total (45/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCATGCAAACACAACACGAGGATTTATGGCAGATAACAAACCAGAGCTACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCA > NC_000913/3980862‑3981445 | gCATGCAAACACAACACGAGGATTTATGGCAGATAACAAACCAGAGCTACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCAc > 1:691875/1‑300 (MQ=255) tGCAAACACAACACGAGGATTTATGGCAGATAACAAACCAGAGCTACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCGc > 1:582365/1‑300 (MQ=255) gCAAACACAACACGAGGATTTATGGCAGATAACAAACCAGAGCTACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCGcc < 2:229865/300‑1 (MQ=255) cacaacacGAGGATTTATGGCAGATAACAAACCAGAGCTACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCGCCTGGTc < 1:583316/300‑1 (MQ=255) 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tACAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCGGGGGGGCACCCTGGGCTTCTGCCTGTTTATGTGGTCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGaaa < 1:322061/300‑1 (MQ=255) cAGCGTGGGCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATc < 1:347073/300‑1 (MQ=255) ggCTGGAAGCTCGACATATCGAACTCATCGCCCTGGGGGGCACCATTGGCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGTCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCCTCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGTTATCTCACCNCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCNCCGCCa > 2:627660/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |