| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,805,688 | C→T | P292S (CCT→TCT) | proV → | glycine betaine ABC transporter ATP binding subunit ProV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,805,688 | 0 | C | T | 98.9% | 328.8 / NA | 92 | P292S (CCT→TCT) | proV | glycine betaine ABC transporter ATP binding subunit ProV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (39/52); total (39/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTAATTCGCACCGAGATGCAGGATGAGCTGGTAAAATTACAGGCGAAACATCAGCGCACCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTCCGTACCTTCTTCCGTGG‑CGTTGATATTAGTCAGGTATTCAGTGCGAAAGATATTGCCCGCCGGACACCGAATGGCTTAATTCGTAAAACCCCTGGCTTCGGCCCACGTTCGGCACTGAAATTATTGCAGGATGAAGATCGCGAATATGGCTACGTTATCGAACGCGGTAATAAGTTTGTCGGCGCAGTCTCCATCGATTCGCTTAAAACCGCGTTAACGCAGCAGCAAGGTCTTGATGCGGCGCTGATTGATGCGCCGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTTGCTCTCTCATGTCGGACAGGCACCCTGTGCGGTGCCCGTGGTCGACGAGGACCAACAGTATGTCGGCATCATTTCGAAAGGAATGCTGCTG > NC_000913/2805404‑2805981 | cATTAATTCGCACCGAGATGCAGGATGAGCTGGTAAAATTACAGGCGAAACATCAGCGCACCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTCCGTACCTTCTTCCGTGG‑CGTTGATATTAGTCAGGTATTCAGTGCGAAAGATATTGCCCGCCGGACACCGAATGGCTTAATTCGTAAAACCTCTGGCTTCGGcctac > 2:749362/1‑297 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |