| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,030,411 | G→A | P291P (CCG→CCA) | yedA → | putative transporter YedA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,030,411 | 0 | G | A | 98.2% | 179.7 / ‑6.2 | 55 | P291P (CCG→CCA) | yedA | putative transporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (29/25); minor base C (1/0); total (30/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCGAGTCGCAGGCACTTTAAACAGATAGCAGT > NC_000913/2030126‑2030704 | gatgatTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGt > 2:242358/1‑300 (MQ=255) cTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGTTCGGCTATCTGGCGCTGNTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCTGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGAc < 2:569825/300‑1 (MQ=255) cTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGAc < 1:334662/300‑1 (MQ=255) gcTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGANTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAANATATCTATTCCCAGCAAAACCAGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAg > 2:700361/1‑300 (MQ=255) cTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGTTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGc < 1:276674/300‑1 (MQ=255) tcccttccctTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGTTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCg < 2:91631/300‑1 (MQ=255) tcccttccctTTCAGGCTTCCCTTCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCACCATCAACGCTTAGATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCNCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGTTGGTCGCGTTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCGTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCg < 2:665823/300‑1 (MQ=255) 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cGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTAAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCt > 2:254514/1‑300 (MQ=255) agcTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTgcgcg > 1:29862/3‑300 (MQ=255) aTCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTgcgcg > 2:743817/1‑300 (MQ=255) gTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCtt > 1:694086/1‑300 (MQ=255) ttATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATc < 1:596238/300‑1 (MQ=255) gCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCActc < 1:691985/300‑1 (MQ=255) 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aaTTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTGGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGGTGCGCCAGTTAGGCAGGACGCAGCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTccagcc < 1:764243/300‑1 (MQ=255) tCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTACCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAAc > 2:61302/1‑300 (MQ=255) cgGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGNCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTATCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATNTCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGtt > 2:695160/1‑300 (MQ=255) cgGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGtt > 1:488990/1‑300 (MQ=255) gtggtACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCg > 1:679656/1‑300 (MQ=255) gtggtACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTACAGCCAGAACTCGGTTCg > 1:423232/1‑300 (MQ=255) aCGTTTGGAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGCACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCGAGTCGCAGGCAc < 2:715042/300‑1 (MQ=255) gAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATNAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTGGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCGAGTCGCAGGCACTTTAAAc < 2:564956/300‑1 (MQ=255) gAAAATATCTCTTCCCAGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCGAGTCGCAGGCACTTTAAAc < 1:758682/300‑1 (MQ=255) 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GATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGCGTGTCGATCTGCGCGCTGGCACCTTCGCCGCAGATCCACTCTTCCAGACGCTCGGTAAGCGCTTCATCCGTCAGCTTCTCGCGCCCACGTAACGCGCACTCCCAGACAATCAATACGCGCCAGCCGAGTTCCTGCAAGCGACTGATATCGCGGCGATCGCGCTCAACATTTTTACCTATCTTCTCCAGCCAGAACTCGGTTCGAGTCGCAGGCACTTTAAACAGATAGCAGT > NC_000913/2030126‑2030704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |