| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 238,884 | G→A | intergenic (‑148/+535) | ykfM ← / ← yafV | uncharacterized protein YkfM/2‑oxoglutaramate amidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 238,884 | 0 | G | A | 99.3% | 527.5 / NA | 147 | intergenic (‑148/+535) | ykfM/yafV | uncharacterized protein YkfM/2‑oxoglutaramate amidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (64/82); total (65/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATATCACGGGTGGAGTGTTAAGAACATACATAAATGGAGTCATGTTTTCCCTTTTCCATTTATCAAGTTCCTGTTGCCGTTTTAGTCCATCTCTAATTGCATATTTTAATTTTTCTGATAAATGGCATTGAGCATCGATTTCATTTAAAACAACTGTACACACTATCCCTGTCAGTAAAATTGCTCCTCCGACAAGAATTACTGGAAAGCCAAAGCTAACACAGGCAAAAGAAGCCAGACTTCCAATAGCGGTTGCAACACCACCGGCTATAACTGCTTTGGCCACATCCATTGAAAAATCGCCAAGAAAATTAACCAGATCTCGCTCTGAACTCATAATAAATTCTATGGTTCTGCTGATTTAACCGCAGAGAAGTTCGCCACAGCAATCCGAAACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCG > NC_000913/238602‑239176 | ttCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATATCACGGGTGGAGTGTTAAGAACATACATAAATGGAGTCATGTTTTCCCTTTTCCATTTATCAAGTTCCTGTTGCCGTTTTAGTCCATCTCTAATTGCATATTTTAATTTTTCTGATAAATGGCATTGAGCATCAATTTCATTTAAaacaac < 1:210941/300‑1 (MQ=255) 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aTGGCATTGAGCATCAATTTCATTTAAAACAACTGTACACACTATCCCTGTCAGTAAAATTGCTCCTCCGACAAGAATTACTGGAAAGCCAAAGCTAACACAGGCAAAAGAAGCCAGACTTCCAATAGCGGTTGCAACACCACCGGCTATAACTGCTTTGGCCACATCCATTGAAAAATCGCCAAGAAAATTAACCAGATCTCGCTCTGAACTCATAATAAATTCTATGGTTCTGCTGATTTAACCGCAGAGAAGTTCGCCACAGCAATCCGAAACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTg < 1:394264/300‑1 (MQ=255) gCATTGAGCATCAATTTCATTTAAAACAACTGTACACACTATCCCTGTCAGTAAAATTGCTCCTCCGACAAGAATTACTGGAAAGCCAAAGCTAACACAGGCAAAAGAAGCCAGACTTCCAATAGCGGTTGCAACACCACCGGCTATAACTGCTTTGGCCACATCCATTGAAAAATCGCCAAGAAAATTAACCAGATCTCGCTCTGAACTCATAATAAATTCTATGGTTATGCTGATTTAACCGCAGAGAAGTTCGCCACAGCAATCCGAAACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGcac < 1:662297/300‑1 (MQ=255) gAGCATCAATTTCATTTAAAACAACTGTACACACTATCCCTGTCAGTAAAATTGCTCCTCCGACAAGAATTACTGGAAAGCCAAAGCTAACACAGGCAAAAGAAGCCAGACTTCCAATAGCGGTTGCAACACCACCGGCTATAACTGCTTTGGCCACATCCATTGAAAAATCGCCAAGAAAATTAACCAGATCTCGCTCTGAACTCATAATAAATTCTATGGTTCTGCTGATTTAACCGCAGAGAAGTTCGCCACAGCAATCCGAAACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCg < 1:660285/300‑1 (MQ=255) | TTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATATCACGGGTGGAGTGTTAAGAACATACATAAATGGAGTCATGTTTTCCCTTTTCCATTTATCAAGTTCCTGTTGCCGTTTTAGTCCATCTCTAATTGCATATTTTAATTTTTCTGATAAATGGCATTGAGCATCGATTTCATTTAAAACAACTGTACACACTATCCCTGTCAGTAAAATTGCTCCTCCGACAAGAATTACTGGAAAGCCAAAGCTAACACAGGCAAAAGAAGCCAGACTTCCAATAGCGGTTGCAACACCACCGGCTATAACTGCTTTGGCCACATCCATTGAAAAATCGCCAAGAAAATTAACCAGATCTCGCTCTGAACTCATAATAAATTCTATGGTTCTGCTGATTTAACCGCAGAGAAGTTCGCCACAGCAATCCGAAACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCG > NC_000913/238602‑239176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |