Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,222,997 | T→C | D56G (GAC→GGC) | ymgI ← | uncharacterized protein YmgI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,222,997 | 0 | T | C | 97.2% | 362.2 / ‑4.5 | 108 | D56G (GAC→GGC) | ymgI | uncharacterized protein YmgI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base C (71/34); total (74/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCCTTCGAGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAATCTTAAATGAGGAATAACTCATTGATTGACAATATTTTTATTCAAGAAGTGTCATTGACTGTTAACGCAATGTTGTAAAGGTAAGATAATCTGATTTATCAATATTATTGTGTGATTTTTATGTGAGCAGAAGATATTCATCAGCA > NC_000913/1222704‑1223287 | cccctCGAGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTa > 1:464952/5‑300 (MQ=255) ttCGAGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCCCCAACACCAGCGCCAACAGCTGCCCCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCATGCGCCTCGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTACACTTAGATGCCCGGTATta > 1:131596/1‑300 (MQ=255) ttCGAGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTATta > 1:637/1‑300 (MQ=255) taGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTATtaagt < 2:290066/299‑1 (MQ=255) 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cgttCANAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACNCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTTAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTATTAAGTAAGTTGcacac < 2:622442/297‑1 (MQ=255) cGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACNGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTATTAAGTAAGTTGcacac < 1:515327/300‑1 (MQ=255) aCGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAGGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGCCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACaataat < 2:330151/300‑1 (MQ=255) 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CCCTTCGAGGCCATTGCCGGTCAGAACGCCAGTGACAGCACCAACGGCGGCACCCACTTTTGCACCTTTACGCGCATTTTTACCGTCGCGGCCTTTTTCTGTTACTGCACCAACACCAGCGCCAACAGCTGCACCTTTCAGTACGCCATTAACACCATTGCCAGTAAGTAAACCAACGCCTGCGCCTAGCAATGCACCTTTCGTGGTGCGGTTCATATCCGCCATCGCTGGCGTGGAGCAGAACAATGCTGAGATAAGCCCGAAGGCAAGTATTTTTTTCTTCAACTTAGATGTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAATCTTAAATGAGGAATAACTCATTGATTGACAATATTTTTATTCAAGAAGTGTCATTGACTGTTAACGCAATGTTGTAAAGGTAAGATAATCTGATTTATCAATATTATTGTGTGATTTTTATGTGAGCAGAAGATATTCATCAGCA > NC_000913/1222704‑1223287 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |