| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,049,599 | G→A | A49V (GCT→GTT) | gfcA ← | threonine‑rich inner membrane protein GfcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,049,599 | 0 | G | A | 98.6% | 242.6 / NA | 71 | A49V (GCT→GTT) | gfcA | threonine‑rich inner membrane protein GfcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (32/38); minor base C (1/0); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGATAAAATAAGAGGGCGCACCTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAGCAGTCGTGGTTGCGCCGGTAGTGGTCGTTGTGGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAAC > NC_000913/1049311‑1049892 | tCGATAAAATAAGAGGGCGCACCTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAACAGTCGTGGtt < 1:663705/300‑1 (MQ=255) aaaTAAGAGGGCGCACCTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAACAGTCGTGGTTGCGCCg > 1:342378/1‑300 (MQ=255) aaaTAAGAGGGCGCACCTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACNGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCAAGCAGCCACGCCAACAGTGGTAGTAACAGTCGTGGTTGCGCCg > 2:656154/1‑300 (MQ=255) aCCTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAACAGTCGTGGTTGCGCCGGTAGTGGTCGTtgt < 2:409791/300‑1 (MQ=255) ccTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGCCGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACAACAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTAGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTACCAGTCGTGGTTGCGCCGGTAGTGGTCGTtgtg > 2:196912/1‑300 (MQ=255) ccTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGNCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGACAACTGTCGCCGTGCCGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAACAGTCGTGGTTGCGCCGGTAGTGGTCGTtgtg > 1:528703/1‑300 (MQ=255) ccTTTAATCCTTGAAAGGTTAATTAAAAAAATGCAAATCTCTAAAGCCCGGTACGAATATCGCAACCGGGTATCATTTAACTTTAATTTCGACGCGTTAAAGCAGTATTAGCGTGTAGTGGACGTGGTGGTTGAGGTGTTATGAGAACCGCCATCGCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTTGCCACACCGCCAACTGTCGCCGTGCAGACAGCGCCAGCAGCCACGCCACCAGTGGTAGTAACAGTCGTGGTTGCGCCGGTAGTGGTCGTtgtg > 1:376055/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |