| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACTAAAACCACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACGTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGGCCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCAGCCAGGGC > NC_000913/3356477‑3357067 | cTAAAACCACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACGTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGgccgcc > 1:111600/1‑300 (MQ=255) cTAAAACCACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACGTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGaccgca > 2:473247/1‑299 (MQ=255) aCCACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACGTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGACCGCCTGGTa < 2:256072/300‑1 (MQ=255) ccACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACTTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGGCCGCCTGGTAg < 2:644962/300‑1 (MQ=255) 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tGCCTATGAAACGCTGGACCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGcc < 1:450931/300‑1 (MQ=255) aTGAAACGCTGGTCCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCa > 1:364589/1‑300 (MQ=255) aCGCTGGACCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGTGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCAGcaag > 2:352765/1‑297 (MQ=255) aCGCTGGACCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTACAGGGGGCGGTCAGCCGCAGTGGTGGAGCACACCTCACCA‑ACTCACAGCACGATATGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTTGCGCGTAAGTCCATCAgtaag > 2:351223/1‑296 (MQ=255) cTGGACCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGTTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCTAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCAGCCAGGGc < 1:764927/300‑1 (MQ=255) cTGGACCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCAGCCAGGGc < 1:19775/300‑1 (MQ=255) | ACTAAAACCACGCTCGAAGCGACAGTCAAAGAGCTGTGCGACAAAGCCGAAAAAATGGTACGTAGCGGCACCGTGCTGCTGGTGCTCTCCGACCGGAATATCGCTAAAGATCGCCTGCCGGTTCCAGCCCCGATGGCGGTTGGCGCGATCCAGACCCGTCTGGTCGATCAAAGCCTGCGTTGCGATGCCAACATCATCGTCGAAACCGCCAGCGCCCGCGATCCGCACCACTTCGCCGTGTTGCTGGGCTTCGGCGCGACGGCTATTTATCCATACCTTGCCTATGAAACGCTGGGCCGCCTGGTAGACACCCATGCGATTGCCAAAGATTATCGTACCGTGATGCTCAACTACCGTAACGGCATCAACAAAGGCTTGTACAAAATCATGTCCAAAATGGGCATCTCCACCATCGCCTCTTACCGCTGCTCGAAACTGTTTGAAGCGGTCGGTCTACACGATGATGTAGTGGGCCTGTGCTTCCAGGGGGCGGTCAGCCGCATTGGTGGAGCA‑AGCTTTGAAGACTTCCAGCAGGATCTGCTGAATCTGTCGAAACGTGCCTGGCTGGCGCGTAAGCCCATCAGCCAGGGC > NC_000913/3356477‑3357067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |