| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,102,944 | Δ1,424 bp | IS5‑mediated | [wbbL]–[wbbK] | [wbbL], [wbbK] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101941–2102946 | 2104367 | 1422–2427 | 26 [25] | [0] 129 | [insH7]–[wbbK] | [insH7],wbbL,[wbbK] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2104368 = | 0 (0.000) | 129 (1.350) | 81/598 | 0.0 | 100% | coding (142/1119 nt) | wbbK | putative glycosyltransferase WbbK |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCAAAACCGTCACATTCTCACCCAAC > NC_000913/2104073‑2104665 | gcgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaatcctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAc > 2:199716‑M1/296‑300 (MQ=255)gcgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaatcctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAc > 1:593775‑M1/296‑300 (MQ=255)gcgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcaatgaatgcttagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAc > 2:254506‑M1/296‑300 (MQ=255) gctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAACTCTTTAGc < 1:158000‑M1/13‑1 (MQ=255) 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TTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCAAAACCGTCACATTCTCACCCAAC > NC_000913/2104073‑2104665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |