| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,223,638 | T→C | intergenic (‑10/‑190) | iclR ← / → metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,223,638 | 0 | T | C | 99.1% | 410.7 / NA | 106 | intergenic (‑10/‑190) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (55/50); minor base A (1/0); total (56/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GCTGCCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGA > NC_000913/4223350‑4223924 | gctgcCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAANTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTAt < 1:463430/300‑1 (MQ=255) 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gACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACt > 2:196894/1‑300 (MQ=255) gACCATGACAGTCTACTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTCCCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTACATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGACACCATGATCCAGAGTTATCGACt > 2:366365/1‑300 (MQ=255) ccATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCACTAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGa > 2:577390/1‑300 (MQ=255) | GCTGCCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGA > NC_000913/4223350‑4223924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |