Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,919,728 | C→T | T740I (ACT→ATT) | letB → | lipophilic envelope spanning tunnel |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,919,728 | 0 | C | T | 98.7% | 264.4 / NA | 76 | T740I (ACT→ATT) | letB | lipophilic envelope spanning tunnel |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/41); minor base G (0/1); total (34/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCATCGGGTTACAGTCTGGACTTTGGTCTGACGGGCGGCGTAGTGAAAACCGGCACCTTTAACCAGTTTATCCGTGGCGGCA > NC_000913/1919440‑1920021 | ccGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGTTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCAAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCAGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTATTGATTCGCGtt > 2:624822/1‑300 (MQ=255) tttcGGTCTGGAGGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATAGCGGGCAAATCCAAACGCTGGATCTGACTACCGCACGCAAGGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGTAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCGCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTATTGATTCGCGTTACCTGGATg < 2:368325/297‑1 (MQ=255) tggcgtgcGGGATGCCACTTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTATTGATTCGCGTTACCTGGATg < 2:667108/293‑1 (MQ=255) gggATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTATTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGc < 1:438737/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |