Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,280,874 | 0 | G | T | 30.9% | 146.2 / 11.6 | 81 | E299* (GAG→TAG) | yjcE | putative transporter YjcE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/17); new base T (0/25); total (39/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTG‑GACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTG > NC_000913/4280576‑4281173 | gAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGga > 1:572560/1‑300 (MQ=255) ctgTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCg > 1:149168/1‑300 (MQ=255) ctgTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGATGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCg > 1:150042/1‑300 (MQ=255) ggTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTTGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGTAGACGTCGCTGATg < 1:436846/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |