| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,874 | 0 | G | A | 23.3% | 118.0 / 11.9 | 61 | A56T (GCT→ACT) | ychS | putative uncharacterized protein YchS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/31); new base A (11/3); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCACGGTGCGGGGTGAGTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGA‑GTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGC > NC_000913/1286575‑1287169 | gCACGGTGCGGGGTGAGTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGATGACGCTCACGCCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTAATCCTTCACCGCGTGGGCCGAATATTTAATTGCGGAGTCTTTTGAGGG‑TTCCgggg > 2:580094/1‑300 (MQ=25) gTGCGGGGTGAGTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCtttt > 1:341781/1‑300 (MQ=255) gTGCGGGGTGAGTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAGTATTTAATTGCGGATTCGTTTGAGAG‑TTCCGGGACtttt > 1:186011/1‑300 (MQ=255) gggTGAGTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGNATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTNTGAAAg > 2:575367/1‑300 (MQ=18) gTTGTCGGATGCGCTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTTGGGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtgg > 2:666689/1‑300 (MQ=255) gcgcTTCGCTTATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGa < 1:344083/300‑1 (MQ=255) tcgcttATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAt > 1:211788/1‑300 (MQ=255) tcgcttATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAt < 2:339613/300‑1 (MQ=255) ccgcctATCCGACCTACAGTTGAGGATAGTTTATGCCCGGTAACCGTGGGGCCAGCGGGCAAAATTATCTCGGAGTGACAGGTTTTGATTATTTGAGGAAGCGATGGTGGTGGTGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAt < 1:149530/295‑1 (MQ=17) tATCCGACCTACAGTGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 1:615048/300‑1 (MQ=255) tATCCGACCTACAGGTGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGTGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGTGGAAGGATTACTc < 2:271185/300‑1 (MQ=255) ccGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgc < 1:457364/300‑1 (MQ=255) gACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGTAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:542379/300‑1 (MQ=255) gACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:72200/300‑1 (MQ=255) gACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAG‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAcccaacgc > 2:300993/1‑293 (MQ=255) aCCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTccacgct > 2:404497/1‑294 (MQ=255) aCCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTATCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgaaccttcg > 2:661285/1‑290 (MQ=17) cTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGTGTGACGGATTCCTCCGCGCttc > 1:566830/1‑298 (MQ=255) cTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcccccacgctac > 1:333529/1‑288 (MQ=255) cTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTAGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgcaccttcgaa > 2:374037/1‑288 (MQ=17) aCAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTTGAGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcacccacgctacgt > 2:304022/1‑286 (MQ=18) aCAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgc < 1:14779/300‑1 (MQ=255) 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ggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAA‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgccccttcgaagtctataacg > 1:429213/1‑278 (MQ=17) ggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgcaccttcgaagtcgctgacg > 2:656031/1‑278 (MQ=14) tatTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACACTCTCTCGATGGTGCTCCAGTCGACACCT‑GGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGAATGGGCAGGGTATTTGATTGCGGATTCGTTTGGGAA‑TTCAGGGGGTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAGGATTAGTAAACTCTGCGCGATTCGCCCtt > 2:198616/1‑300 (MQ=18) atTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCCCATCGCTACGCGCTTCGCCCTTc > 1:340371/1‑300 (MQ=255) ttGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGACTTTTGAAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGTGCTGCGCGCTTCGCCCTTCg > 2:266959/1‑300 (MQ=255) tGTAGGCCCGGTAAACGTTGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGTAATCGATGTTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCgg < 2:35239/300‑1 (MQ=255) cGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAG‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACCCCGCGCTACGCGCCTAACCCCTCGTGTCGTTGc > 2:385542/1‑300 (MQ=18) cGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGTGCCTCGCCCCTAAGGTCGTTGc > 1:447847/1‑300 (MQ=255) tggtgCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGA‑ACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGNGGAAGGATTACTCAACGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTNTGGCaa > 2:574361/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |