| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | NC_000913 | 1,428,795 | Δ115,337 bp | IS5‑mediated | lomR–narU | 104 genes lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, ynaM, uspF, ompN, micC, ydbK, ydbJ, hslJ, ldhA, ydbH, ynbE, ydbL, feaR, feaB, tynA, paaZ, paaA, paaB, paaC, paaD, paaE, paaF, paaG, paaH, paaI, paaJ, paaK, paaX, paaY, ynbG, ydbA, insD2, insC2, ydbA, insI2, ydbA, pdxI, ydbD, ynbA, ynbB, ynbC, ynbD, azoR, hrpA, ydcF, aldA, cybB, rydC, ydcA, yncP, hokB, mokB, sokB, trg, ydcI, ydcJ, opgD, ydcH, rimL, ydcK, tehA, tehB, ydcL, insQ, ydcO, sutR, rlhA, yncJ, hicA, hicB, ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, ydcD, yncO, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | NC_000913 | 1428795 | 1544131 | 115337 | 105 [0] | [0] 104 | lomR–narU | lomR,stfR,tfaR,pinR,ynaE,ynaM,uspF,ompN,micC,ydbK,ydbJ,hslJ,ldhA,ydbH,ynbE,ydbL,feaR,feaB,tynA,paaZ,paaA,paaB,paaC,paaD,paaE,paaF,paaG,paaH,paaI,paaJ,paaK,paaX,paaY,ynbG,ydbA,insD2,insC2,ydbA,insI2,ydbA,pdxI,ydbD,ynbA,ynbB,ynbC,ynbD,azoR,hrpA,ydcF,aldA,cybB,rydC,ydcA,yncP,hokB,mokB,sokB,trg,ydcI,ydcJ,opgD,ydcH,rimL,ydcK,tehA,tehB,ydcL,insQ,ydcO,sutR,rlhA,yncJ,hicA,hicB,ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,ydcD,yncO,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1428794 | NA (NA) | 104 (1.160) | 75/598 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1196 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1544132 = | 0 (0.000) | intergenic (‑72/+626) | narU/yddK | nitrate/nitrite transporter NarU/leucine‑rich repeat domain‑containing protein YddK | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGATGACAGCGGTCATATTCTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGAGAGGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGTTCGCACCTTCCCAAGGGGAAAACGCACGACGTGCTGACCGGAAGTGATGACGGTCGCCACAGCAACACGTCTCTGGCGTGGGGAGCTGGCGTGCAGTTTAACCCGACCGAATCCGTGGCCATTGATATTGCTTATGAAGGCCCCGGCAGTGGCGACTGGCGCACTGACGGTTTCATCGTGGGTGTCGGTTATAAGTTCTGATTAGCCAGGTAACACAGTGTTATGACAGCCCGCCGGTTCAGGCGGGCTTTTTTGTGGGGTGAATATGGCAGTAAAGATTTCAGGTGTACTGAAAGACGGCACAGGA > NC_000913/1428495‑1429090 | ccATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGATGACAGCGGTCATATTCTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGAGAGGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGTTCGCACCTTcc > 2:50579/1‑300 (MQ=255) 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CCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGATGACAGCGGTCATATTCTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGAGAGGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGTTCGCACCTTCCCAAGGGGAAAACGCACGACGTGCTGACCGGAAGTGATGACGGTCGCCACAGCAACACGTCTCTGGCGTGGGGAGCTGGCGTGCAGTTTAACCCGACCGAATCCGTGGCCATTGATATTGCTTATGAAGGCCCCGGCAGTGGCGACTGGCGCACTGACGGTTTCATCGTGGGTGTCGGTTATAAGTTCTGATTAGCCAGGTAACACAGTGTTATGACAGCCCGCCGGTTCAGGCGGGCTTTTTTGTGGGGTGAATATGGCAGTAAAGATTTCAGGTGTACTGAAAGACGGCACAGGA > NC_000913/1428495‑1429090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |