| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,315,384 | G→A | Y129Y (TAC→TAT) | yciF ← | DUF892 domain‑containing protein YciF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,315,384 | 0 | G | A | 95.7% | 75.1 / ‑5.7 | 23 | Y129Y (TAC→TAT) | yciF | DUF892 domain‑containing protein YciF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (14/8); total (15/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTCATGATAATGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGGTAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGTGCTGCGGCAATCAGTGCGGCATCACGCACTTCGTTTTTCTCGGTACTTTCGATGACCTCATTAGCTTCTTCAATAAGACCTTCCATTGCCACACATTTCATGCGCTTAATTTTCAGGTTCGATTCGGACTCCACAACTTGATCAATACGTTCAATCT > NC_000913/1315197‑1315610 | aGTCATGATAATGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGGTAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACt > 1:352993/1‑251 (MQ=255) tGATAATGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAAt > 1:125160/1‑192 (MQ=255) tGATAATGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAAt < 2:125160/192‑1 (MQ=255) aTGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGtgctg > 1:117729/1‑251 (MQ=255) aaTACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCTGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGTGCTGCGGCa > 1:148160/1‑250 (MQ=255) 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ttcCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGTGCTGCGGCAATCAGTGCGGCATCACGCACTTCGTTTTTCTCGGTACTTTCGATGACCTCATTAGCTTCTTCAATAAGACCTTCCATTGCCACACATTTCATGCGCTTAATTTTCAGGTTCGATTCGGACTCCACAACTTGATCa > 1:302692/1‑250 (MQ=255) ttcAGAAGCTTCGCTGCTTTACGATAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGTGCTGCGGCAATCAGTGCGGCAGCACGCACTTCGTTTTTCTCGGTACTTTCGATGACCTCATTAGCTTCTTCAATAAGACCTTCCATTGCCACACATTTCATGCGCTTAATTTTCAGGTTCGATTCGGACTCCACAACTTGATCAATACGTTCAATCt < 2:148160/250‑1 (MQ=255) | AGTCATGATAATGTTCAATACGATTCATGAAAATGTCCTCTTTATAAAATGACTAAAAGTTAAAATTCATATTTCAGGCTTTATTTTCGGCTTTCTTATTTACGTTATTAATGGCCAGATCAGTCAGTTTGATGTCGGTGGCCTTTTCTTCTTCCAGGGTTTCTTTCAGAAGCTTCGCTGCTTTACGGTAACCTAATTGTTCAGCCAGCGTCGCTAATGTCCCGTAACTGGCAATCTCATAATGCTCGACTTTCTGTGCTGCGGCAATCAGTGCGGCATCACGCACTTCGTTTTTCTCGGTACTTTCGATGACCTCATTAGCTTCTTCAATAAGACCTTCCATTGCCACACATTTCATGCGCTTAATTTTCAGGTTCGATTCGGACTCCACAACTTGATCAATACGTTCAATCT > NC_000913/1315197‑1315610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |