| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,514,000 | 0 | A | T | 29.7% | 66.8 / 10.0 | 37 | Y57F (TAT→TTT) | ydcU | putative ABC transporter membrane subunit YdcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/18); new base T (11/0); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAA > NC_000913/1513780‑1514246 | aTGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTATTC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAAc > 1:137679/1‑251 (MQ=255) ggTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTTTAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTg > 1:61544/1‑251 (MQ=255) ggTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATCTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑Ct < 2:203689/250‑1 (MQ=255) gatgtgatgGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑CTGTCGGTAACGCCGGGA‑ATGAAGCTGGc > 1:294274/1‑251 (MQ=255) ggTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATcc < 2:137679/251‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTTTAC‑TTTTTACGATTTTCCC‑CTGTCGGTGACGCCGGAA‑CTGAccccgg > 2:27855/1‑235 (MQ=255) tGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTgg < 1:27855/240‑1 (MQ=255) 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2:351940/1‑245 (MQ=255) tctGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCt < 1:45371/250‑1 (MQ=255) cATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCttt < 2:381240/251‑1 (MQ=255) aTAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTTGCACTGTTCTGGCAGGGATTTTTTAC‑TTTTTACGATTTCCCC‑ATTTCGGGAACGCCGGGA‑CGGACGCTGGGGCATCTCCGGGCGCTGTTTTATTCGCTGAATTACCACATCAATGCCCGCCCCATGACTCTTGCTGCGGCAGGCACTATAGCCACCGCCATTTTCGCtttt > 2:411879/1‑251 (MQ=255) 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ggCAGTGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCTCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTGTTTATATTGCGTTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTAc < 2:383734/251‑1 (MQ=255) ttATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTaa > 2:376042/1‑249 (MQ=255) | ATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATAC‑TTTTGACGATTTCACC‑ATGTCGGTAACGCCGGAA‑CTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAA > NC_000913/1513780‑1514246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |