| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,208,132 | 0 | G | A | 65.8% | 16.7 / 34.8 | 38 | intergenic (‑600/‑15) | purH/rrsE | bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/6); new base A (15/10); total (22/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCACACAAACAGCCGGTTCGGTTGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCT > NC_000913/4207888‑4208364 | tCACACAAACAGCCGGTTCGGTTGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATc > 2:9349/1‑251 (MQ=38) cggttGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGCTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTACTATACGACACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCACCTGCTCTTTCACAATTTCTCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCAGCAAACTTTTAAATTGa > 1:210526/1‑248 (MQ=11) gAAGAGAAAAATCCTGAAATTGAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGttt < 1:121745/250‑1 (MQ=255) aaTTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGGAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCGTTGTGGGCACTCGACGATTCGGATTCTTAACGTCGCAAGTCGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTGTAATTCGTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGCAGAGTTTTATCATGGCTCAGATTGa < 2:184594/251‑1 (MQ=11) agagGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGAGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCtcac > 2:89595/1‑248 (MQ=25) ggggAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATAATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCATAac > 2:34941/3‑250 (MQ=255) gCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCa > 1:75186/1‑250 (MQ=25) 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cGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGGTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCGGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGGGAGGAATGTCTGGGAAACGGCCTGATGGAg < 2:156533/249‑1 (MQ=255) gAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAgggg < 1:56437/251‑1 (MQ=31) aGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAggggg > 1:123196/1‑250 (MQ=14) 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cGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTa < 2:213057/250‑1 (MQ=31) aaaaaTGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGGGGGGGATAACTACTGGAAACGGAAGCTAATACCg > 1:193726/1‑251 (MQ=14) gAATACCCAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGGGAGGAATGTCTGGGAAACTGCCTGGTGGGGGGGGATAACGACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAAc > 2:221993/1‑251 (MQ=11) 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cATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGcc > 1:161482/1‑251 (MQ=14) cATTACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGc < 2:216022/250‑1 (MQ=14) aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGccc > 2:68849/1‑250 (MQ=14) tACGAAGTTTAATTCTTTAAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGGGAGTAATGTCTGGGAAACTTCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAAAGGTAGCTAATACCGCATAACGTAGAAAAACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCctct > 1:193073/1‑251 (MQ=11) | TCACACAAACAGCCGGTTCGGTTGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGCGCTAAAGCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCT > NC_000913/4207888‑4208364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |