| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,306,660 | G→A | intergenic (‑63/+210) | yjcS ← / ← alsK | linear primary‑alkylsulfatase/D‑allose kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,306,660 | 0 | G | A | 94.4% | 42.5 / ‑5.5 | 18 | intergenic (‑63/+210) | yjcS/alsK | linear primary‑alkylsulfatase/D‑allose kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (7/10); total (8/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
ATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGACTTTAATAAGTGGAAGTGTGAGCGGAACGCGCCATTTTATTAGGCATTTGTGCTGAAGAGGGAAAATTACAGTAAAACTATCATTGCAGAAAATAATATGAGTCGTTTTATGTGTTTATTATATATATTGTACCTGTCGTTGGCACAGCGGGACATTGCGCTACTGTGCCAACGTTTTACTCATGGGGCTTTAGCACAGAACTGTGGCAAA > NC_000913/4306415‑4306900 | aTCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTCACCTGTTGGGAATATTGAGAGGCGGATTTTGCTTCCTCTTTTGGGCTCGCGGTATTTACCATAATGCCGCTGGAAGCAGTTAACGCAATCACAATCCTGCTAAAACGGAATAACCGAGAGGTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAACTggg > 1:178917/1‑250 (MQ=255) aaggATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGGATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTGAGCGGTATTGACCAGCAGGCCACTGGCGGCGGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCTTTTATCAGTTATGTCGTAAATAGGTGATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAACTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGACTTtaa < 1:359859/247‑1 (MQ=255) ggcggcTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCGCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAACTGGCGTTATCATAAGTGGGAAATTGCGACTTTAATAAGTGGAATTGTGAGCGGAACGCGCCATTTTATTAg < 1:116622/243‑1 (MQ=255) ggcTTTCGCTTCCTCTTTCACGTTAGCGGTATTTTCCATCAGGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTTCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTGATGTCGTAAATATGTAAACCATGCAAAATACGTCATTTAAAACGGGCGTTATCAGAATTGGGAAATTGCGACTTGAATAAGTGGAGGTGTGAGCGGAACGCGCCATGTTATTAGGCATTTGTGCt < 1:265371/251‑1 (MQ=255) 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gTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAACTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGCCTTTAATAAGTGGAAGTGTGAGCGGAACGCGCCATTTTATTAGGCATTTGTGCTGAAGAGGGAAAATTACAGTAAAACTATCATTGCAGAAAATAATATGAGTCGTTTTATGTGTTTATTATATATATTGTACCTGTCGTTGGCACAGCGGGACATTGCGCTACTGTGCCAACGTTTTAc > 1:195803/1‑238 (MQ=255) tCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGAGACTTTAATAAGTGGAAGTGTGAGCGGAACGAGCCATTTTATTAGGCATTTGTGCTGAAGAGGGAAAATTACAGTCAAACTATCATTGCAGAAAATAATATGAGTCGTTTTATGTGTTTATTATATATATTGTACCTGTCGTTGGCACAGCGGGACATTGCGCTACTGTGCCAACGTTTTACTCATGGGGCTTTAGCACAGAACTGTGGCaaa > 1:106021/1‑250 (MQ=255) | ATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGACTTTAATAAGTGGAAGTGTGAGCGGAACGCGCCATTTTATTAGGCATTTGTGCTGAAGAGGGAAAATTACAGTAAAACTATCATTGCAGAAAATAATATGAGTCGTTTTATGTGTTTATTATATATATTGTACCTGTCGTTGGCACAGCGGGACATTGCGCTACTGTGCCAACGTTTTACTCATGGGGCTTTAGCACAGAACTGTGGCAAA > NC_000913/4306415‑4306900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |