| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,260 | A→T | intergenic (+179/‑348) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,260 | 0 | A | T | 100.0% | 35.2 / NA | 15 | intergenic (+179/‑348) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (7/8); total (7/8) | |||||||||||
GGAGAATATCGGGAAAGGGTCAGACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTACTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTG > NC_000913/321043‑321455 | ggAGAATATCGGGAAAGGGTCAGACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTg < 1:114317/251‑1 (MQ=255) cccTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTg > 1:52349/1‑250 (MQ=255) gCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAACTTGCTTCATTTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTg > 1:352181/1‑250 (MQ=255) aaaTCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTGTCAACGATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTGTTTCTGATGGACGCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCGTGAGACGTGATTATTGGCGATGATGTTTTTGTACACCATCAGTGGATATCTCAATAACCCCGGAATAAGTAGCTCTGAATAgg < 1:257938/251‑1 (MQ=255) ggCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCTACTATTTCTATTTGCGACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTCGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAACTAAAATTCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGCTTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGaa > 1:354458/1‑226 (MQ=255) naTTCCGGGCGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAAAGGTGGTTTGGGATTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCACACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGt > 1:70140/2‑216 (MQ=255) ggtggtTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTa > 1:169668/1‑174 (MQ=255) gCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATAGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGCTTTCCCCATAAAATGTGAGc > 1:161079/1‑251 (MQ=255) atatTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCTGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTTAATAGGTATAAGGTATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGcc < 1:266321/250‑1 (MQ=255) cTCAGTTTTTAAATAAAAAGGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATc < 1:357940/103‑1 (MQ=255) gTTTTTAAATAAAAATGCCAACTAAATAGCCTTAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTNNtcccccnnt > 2:24552/1‑91 (MQ=255) gTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTTAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCg < 1:24552/218‑1 (MQ=255) ttttAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCTATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTATCCATTTTTAAATGTATTTCGTATGTCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTAGTGCATTTg < 1:244207/250‑1 (MQ=255) aataaaAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCTGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATATGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGcc < 1:227407/175‑1 (MQ=255) cAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCATAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAtcgtcn < 1:66715/179‑2 (MQ=255) | GGAGAATATCGGGAAAGGGTCAGACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTACTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTG > NC_000913/321043‑321455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |