| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,964 | +G | coding (196/1503 nt) | dtpA → | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,964 | 1 | . | G | 90.0% | 27.9 / ‑3.0 | 10 | coding (196/1503 nt) | dtpA | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (5/4); total (5/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CCCCGTTAATATGGGATGTAAAAAAAGAGGTAAAAGTGTCCACTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCT‑T‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTATATGGGTATGGCGGCTATTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGC > NC_000913/1712734‑1713188 | ccccGTTAATATGGGATGTAAAAAAAGAGGTAAAAGTGTCCACTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTAtgg > 1:293782/1‑251 (MQ=255) cTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTggg > 1:289880/1‑251 (MQ=255) caaCTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTACAAACAACCCAAGACGTTCTATCTCCTCTTCTCGATTGAGCTATGGGAACGTTTTGGTTATTCCGGCCTACACGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACACCTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCtgtta > 1:162356/1‑174 (MQ=255) aGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCg < 1:11576/251‑1 (MQ=255) tGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTTGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTTGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCT‑GGTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTAGCGGCGGCTGATTACGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATtg < 1:336429/250‑1 (MQ=255) naTTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCtgt > 1:39944/2‑113 (MQ=255) ntACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCACTCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCACTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTATATGGGTATGGCGGCTATTg > 1:30309/2‑251 (MQ=255) tGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTGCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATcggc < 1:53192/102‑1 (MQ=255) gTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCANCCTNTTCTNTTNCTGT‑TAGTGCCCGGGNTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACNNGNNNCNAAACGCGt < 2:251995/126‑1 (MQ=255) gCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGCACTAAACGCGTAATTATGCTc > 1:246879/1‑112 (MQ=255) gCGGATTCAATCACCCTTTTCTCNTCCNGT‑TANTGNCCTGGTTTATGGTCTNGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAANNGNNNANTTATGCTc < 2:246879/112‑1 (MQ=255) ngATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGT‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTATATGGGTATGGCGGCTATTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGc > 1:70781/2‑251 (MQ=255) | CCCCGTTAATATGGGATGTAAAAAAAGAGGTAAAAGTGTCCACTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACAAGGAATTATGGCTGTTTACCTGGTTAAACAACTGGGTATGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCT‑T‑TAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTATATGGGTATGGCGGCTATTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGC > NC_000913/1712734‑1713188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |