| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 511,514 | G→A | intergenic (‑135/‑127) | copA ← / → glsA | Cu(+) exporting P‑type ATPase/glutaminase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 511,514 | 0 | G | A | 94.4% | 46.9 / ‑6.1 | 19 | intergenic (‑135/‑127) | copA/glsA | Cu(+) exporting P‑type ATPase/glutaminase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (4/13); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGGCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGGCGGACAAAATGCCGATTACATTCCCTTTCTGGCGAATGTACC > NC_000913/511330‑511750 | naGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTa > 1:317663/2‑189 (MQ=255) ggCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGCCAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCCGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCCTCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGAAACCTGAAAATCGACACCggg > 1:371412/1‑251 (MQ=255) gTCGATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAAGTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTATACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGGTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGTATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTcc < 1:237053/251‑1 (MQ=255) gATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCACTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGtt < 1:253761/202‑1 (MQ=255) nngANNNNNAACNCTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTa < 2:317663/144‑1 (MQ=255) cTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTTTATCTTTTTTTTTCTGNGGTNNNNnttnn > 2:303547/1‑143 (MQ=255) cTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAgn < 1:303547/156‑2 (MQ=255) tgtgATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTGTTCCGGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGc < 1:261250/180‑1 (MQ=255) gTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTAc < 1:25717/188‑1 (MQ=255) gTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGACCGGAAAGATTAAAAAATCGGGTCGCTTTGTNNCAGGAtnna > 2:25717/1‑96 (MQ=255) ccTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGACAGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGGTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGa < 1:246270/174‑1 (MQ=255) gggAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCTATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCgg < 1:70678/151‑1 (MQ=255) gggAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCAGTAAAGATTAAAAACTCGGATCGATTTGAATCAGCATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTcc > 1:491854/1‑102 (MQ=255) ggCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCTGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc < 1:200931/107‑1 (MQ=255) aaaGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGGTGCGGGTGCTAAGGTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCTGGGTGAGGAATGACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCATTGGATCAGGGTTTCACCCAATTGCACTCACTTAACTGCGGACAAAATGCCGATTACATTc < 1:223184/250‑1 (MQ=255) gATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTCTCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACaaaa > 1:457695/1‑155 (MQ=255) gCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGATGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGATTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTAcagc < 1:410031/168‑1 (MQ=255) gCTCGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCGTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGTCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGTCGGACAAAATGCCGATTACATTCCCTTGCTGGCGAATg < 1:343889/249‑1 (MQ=255) cGATTTGCATCAGAATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCATGCTTACACCCAAGTTCACTCACTTAACGGCGGACAAAATGCCGATTACATTCCCTTTCTGGCGAATGTAcc < 1:439035/250‑1 (MQ=255) | CAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACATAAAACACTCCTTTAAGACAGTTTTGACTGGCTGTGATAAAGGTTAAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAATCGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGGCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGGCGGACAAAATGCCGATTACATTCCCTTTCTGGCGAATGTACC > NC_000913/511330‑511750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |