| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,857 | G→A | V19V (GTG→GTA) | thrB → | homoserine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,857 | 0 | G | A | 96.3% | 66.3 / ‑3.8 | 27 | V19V (GTG→GTA) | thrB | homoserine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (15/11); total (16/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
GTAATGATCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTGCTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAATTCCAGTGGCG > NC_000913/2627‑3049 | gTAATGATCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACAcc < 1:182201/251‑1 (MQ=255) aTCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGACACTATTCTAAGCCGCTGCCGTTGGCACTGCGCGGATCTGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTg > 1:206254/1‑250 (MQ=255) ngAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGATACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTc > 1:63431/2‑251 (MQ=255) nccACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACAtt > 1:123131/2‑251 (MQ=255) aGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAggc < 1:254763/227‑1 (MQ=255) ccGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACCGCTGCCGGTGTATTTGCTGCTCTCGTACGTTCCCTCCCCTGGCAGTTAGGAGTCTGACTTGGTTTAAGTTTATGAACCGGATTCCAGTGCCCATATGAGCGTCGGGCTTGATGTAATCGGGGCGGCGGTGacac > 1:238571/1‑176 (MQ=255) gcgaatagggTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGTAGTCTGACATGGTTAAAGTGGATGCCCCGGCGTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGggc < 1:490691/144‑1 (MQ=255) cGGGCNNTGNNNTTNNAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCNGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGNCNGNCATGNNTAANGTTTATGCCCNGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCNGNGACACCTGTTGCTGGTGCATTTCTCGGAGATNGAGTCCCGGTTGGGGCGGCagggancattnnaang > 2:364312/1‑199 (MQ=255) ntgtCTTTGCTGATATGCTACGTACCCTCTTATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAg > 1:406194/2‑157 (MQ=255) tttGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAAcc < 1:419139/191‑1 (MQ=255) gCTGATCTGCTACGTACCCGCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTGTATGCCCCTGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCAGTGCTc < 1:345406/139‑1 (MQ=255) tGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACCTGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCaacaac > 1:428298/1‑180 (MQ=255) cccTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGan < 1:315790/237‑2 (MQ=255) cccTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGNCACNNNNNAg > 2:315790/1‑144 (MQ=255) aGTCTGACATGGTTAAAGTGTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACACGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGTTGCATTGCGCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTgg < 1:486653/215‑1 (MQ=255) cATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGCTGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGGGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAATTCCAGTGGCg > 1:293971/1‑250 (MQ=255) gTTAANNATNNNGCNNCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCNTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGNCNCNTGTTNNTGGNGCATTGCTCGNAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCCGAGACATTCAGTCTCAAAAACCTNGNACGCTTTGCCGGTAAGCTGCCGTCCGAACCCNGGGAAAATATCGTTTTTCAGTGCTnggggnngtntnnnnnnn > 2:373253/1‑205 (MQ=255) gTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACGCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCTCGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTggg < 1:373253/227‑1 (MQ=255) gaaaGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGGAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTTCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAAttn < 1:59468/235‑2 (MQ=255) gCCCCNGCTTGNANNGCCAATATGAGCGTCGGGGNTGATGTACTCGGGGCNGCGGNGacaanttnt > 2:192690/1‑60 (MQ=255) gCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGCGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTggg < 1:192690/193‑1 (MQ=255) cTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGNGCGNCGGTNACNCCTGTTGATGGTGCANTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTNNCNNNANCCTCGGAc < 2:360930/129‑1 (MQ=255) cTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACATGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGAc > 1:360930/1‑129 (MQ=255) cTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTACTCGCGGCGGCGGTGAAAACTGTTGATGGTGACTTGCTCGGAGATGTAATCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTAAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTggg > 1:449772/1‑208 (MQ=255) cGGGTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGCTGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGTGGCAGAGACATTCAGTCTCAAAAACCTCGGACGCTTTGCCGa > 1:240918/1‑117 (MQ=255) nggTTTGATGTACTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAg > 1:126161/2‑61 (MQ=255) gTTTGATGTGCTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTTCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCg > 1:35975/1‑165 (MQ=255) | GTAATGATCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGACATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTGCTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAATTCCAGTGGCG > NC_000913/2627‑3049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |