| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,923 | G→A | S120N (AGC→AAC) | ybbY → | putative purine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,923 | 0 | G | A | 87.5% | 13.8 / NA | 8 | S120N (AGC→AAC) | ybbY | putative purine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (4/3); minor base C (1/0); total (5/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGG > NC_000913/540737‑541157 | gCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGCCGATGTTGATTGGTTTTAACGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATg > 1:152308/1‑251 (MQ=255) cGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAACGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAg < 1:59189/251‑1 (MQ=255) ngTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCCGCCTGGCAGCGGGGCTTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAACGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCCGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGcc > 1:19425/2‑251 (MQ=255) ggggAACCATCATTACTATCACCCTTGGTGAAGCCTCGCGCGGGACACCGATCACCGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTACCGGATTAGGCCTTCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAgg > 1:142416/1‑223 (MQ=255) ncTGGCAGTGGGGATTGAACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAACGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCg > 1:47757/2‑250 (MQ=255) gatagCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGGTTTAACGGATTAGGCCATTGCCGTGCACGGTTATTTACGCCTGCGGTGAGGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCGTTTTCAAAGGTATGCTCGGGc < 1:164778/148‑1 (MQ=255) cGATGTTGATTGGTTTTAACGGATTCGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTg > 1:52658/1‑138 (MQ=255) tGTTGATTGGTTTTAACGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCGGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTGCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATGCAGTTACCGCCGGTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGAGGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATgg < 1:80681/250‑1 (MQ=255) | GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGG > NC_000913/540737‑541157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |