| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,004 | 0 | C | T | 50.0% | ‑0.5 / 11.7 | 14 | intergenic (‑111/+180) | borD/ybcV | prophage lipoprotein BorD/DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/6); new base T (0/7); total (1/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAG > NC_000913/578784‑579231 | aTGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGCCGGTTTGTTTTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGTATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCg < 1:115715/251‑1 (MQ=255) gAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTtctc < 1:84179/251‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTGTTTGAAGGTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAAGGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAAGGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCAGGGTAGTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCggg < 1:86968/250‑1 (MQ=255) gTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCTTCATTGTATTCCCGTATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTaaaac < 1:87627/250‑2 (MQ=255) ggCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTtc < 1:9900/209‑1 (MQ=255) aTGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAATCAATGAGTTTAAATTTCAAATTGTTAATATTTAATACTGTATGTTAGGTGAGATGATTCTCCATTATATTCCCGGATTAACTATGTCCTCATCCCTGTCGGTGATCTTCTCTGCAGGAGTGCCCGCTAATAATTAAAA‑CGATGCGCACAGGGTTTATCGCGTACACGTACTGCCTTATGCCa < 1:165073/251‑1 (MQ=255) gtgtTTTTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCaan < 1:101291/251‑2 (MQ=255) gCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTcc < 1:137167/124‑1 (MQ=255) tttGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGTGAGTGTCCGTGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTg < 1:112701/245‑1 (MQ=255) gAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTAGTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATGTTATTCCCGGATTAATTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGGGGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGgaag < 1:98230/250‑1 (MQ=255) gCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTAGTAAAGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGtn < 1:31955/125‑2 (MQ=255) gtgtAGAAAATTAAACAACCACTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGTAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGTGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGCCACGGAAGAAACCGGACGTTATGAttt > 1:128963/1‑251 (MQ=255) gtAGAAAATTAAACAAACACTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTACCGGATTAACTATGTCCACATCCTTGACGGTGAACTTCTCTGCGGGAGTGCCCGGGAATAATTAAAA‑CTATGCACACAGGTTTTAGCGCGCACACGTATTGCATTATGCCCACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATGTAg < 1:117969/250‑1 (MQ=255) tGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGGCATTGTATTCCCTGATTAACTACGTCCCCAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAAGTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTAGTGTATTATGGCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAg < 1:73440/250‑1 (MQ=255) | ATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAG > NC_000913/578784‑579231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |