| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,330,799 | G→A | A100T (GCT→ACT) | proP → | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,330,799 | 0 | G | A | 88.2% | 37.9 / ‑5.6 | 17 | A100T (GCT→ACT) | proP | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (6/9); minor base T (0/2); total (6/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTG‑AATATACCGGGGCGTCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGACCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGT > NC_000913/4330574‑4331031 | aaaGCAATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGCATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTCTGCTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGATGACACCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGAt > 1:217195/1‑251 (MQ=255) ccGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTc < 1:109596/251‑1 (MQ=255) gTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTCTGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCAATTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAAt > 1:292324/1‑250 (MQ=255) ggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGacac < 1:303854/250‑1 (MQ=255) tttGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTGGCCACTGTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCGTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGAGGATGTCGATCAGTTCGTGCTGTATTGGCTTAATACCGGCCGACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTc < 1:130798/250‑1 (MQ=255) aGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGac > 1:69166/1‑208 (MQ=255) aGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCa < 1:107626/220‑1 (MQ=255) cccGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCGCTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCGTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAAGATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACg < 1:122816/163‑1 (MQ=255) ccGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATGGTGATTATGTCGATCAGTAc < 1:98407/161‑1 (MQ=255) ggCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCGTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCtcggtcn < 1:64895/251‑2 (MQ=255) ccAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTGTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCtt < 1:307648/163‑1 (MQ=255) naCTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTA‑AATATACCGGGGCGTCGATATTTGTTGCgg > 1:261303/2‑251 (MQ=255) ttCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGTCCGCTTGGCGCGCTCTTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATAAGGTCGCCAGAAGAACCTCAATATAAATAATGAGATTATGACGATCAGAACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGAACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTAGGCGGTA‑AATATACCGGGGCGGCGATATTTGTTGCGGAAt > 1:129501/1‑250 (MQ=255) gACCGCTGGGCGGACTCGTCTTTGGTATGTTGGGCAATAAATATGGTCGCGAGAAGATCCTCTCTATCACGATTGTGATTATGTCGATCAGGACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGGCCCGATTCTGCGGTTTATCTGTAAGGTGTCACGAGGTTTCGCGGTCGGCG‑TGTAATATAGCGGGGCGTGGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGACCGTAAACGTGGc < 1:215001/251‑1 (MQ=255) tgacgcttcgtTGGTATTTTGGGCAATAAACAGGGTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTAc < 1:150208/78‑1 (MQ=255) ggTCGCCAGAAGATCCTCACTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACATTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCAACGATCCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGTCGGTA‑ACTATACCGGGGCGGCGATATTTGTTGCGGAATACTCCTCTGACCGTAAACGTGGCTTTATTGGCAGCTGGCTGGACTTcagagcggaataaaccaagtc > 1:228668/1‑231 (MQ=255) ccTCTCTATCACTATGGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTg < 1:260271/74‑1 (MQ=255) | AAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTG‑AATATACCGGGGCGTCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGACCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGT > NC_000913/4330574‑4331031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |