| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 579,004 | C→T | intergenic (‑111/+180) | borD ← / ← ybcV | prophage lipoprotein BorD/DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,004 | 0 | C | T | 83.3% | 18.0 / ‑0.3 | 12 | intergenic (‑111/+180) | borD/ybcV | prophage lipoprotein BorD/DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (8/2); total (8/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
ATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCT > NC_000913/578757‑579221 | aTTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCan < 1:175424/251‑2 (MQ=255) ttGGTGCTACTGCTGCCGGTTTGTTTTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTATAAAATTAAACAAACCCTAAACAATTAGGTGAAATTTCATAGTGTTAATAGTTATTAATGTAGGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACt < 1:201352/249‑1 (MQ=255) ggTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATg < 1:18520/250‑1 (MQ=255) cggtttgtttTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTCGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAACCAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACg > 1:193774/3‑251 (MQ=255) cTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTANCGAGTANNATNTTTTTCATGGTGTTATTCCNGANNNTNNNTNCAGTTNGCNNAATCGTATGNGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATANTTATTAATGNNTGTCAGGTGCGATGAATCGTCNTTGNNTNNCNGGANTan > 2:47655/1‑192 (MQ=255) ngCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAgg > 1:56923/2‑251 (MQ=255) ccAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTAATGGGGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAA‑GATGCACACAGGGt > 1:180388/1‑251 (MQ=255) gTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCACGATGCCTTTTGAAGTTCGTAGAATCGTATGTGCAGAAAATTAAACAAACACTAAACAATGAGTAGAACTTTCATTTTGTTAACATTTCTTAATGTTTGTCAGGTGCGAAGAATCATCATTGTCTTCCCGGCTTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGCGGGTCCGGGAATAAT‑AAAAACGATGCACACAGGATTTAGcgcg > 1:141319/1‑251 (MQ=255) gTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGCCGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAAc > 1:117177/1‑251 (MQ=255) gtgtAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTAGTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCTCGTATACGTATTGCGTTATGCCAACGTCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTa < 1:92831/251‑1 (MQ=255) gTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCACGGCTTAACTCTGTCAAAAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGAGGGAGTGTACGGGAATAATTAAAA‑CGATGAACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACAAGGAAGAAACCAGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGCTTTGTGTAGTGTTCTg > 1:144196/1‑246 (MQ=255) gAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGctct > 1:182263/1‑251 (MQ=255) | ATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCT > NC_000913/578757‑579221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |