| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 568,449 | IS2 (–) +5 bp | coding (135‑139/333 nt) | emrE → | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 568449 = | 1 (0.110) | 13 (1.360) | 11/314 | 0.0 | 92.6% | coding (135/333 nt) | emrE | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE |
| ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 568453 | 0 (0.000) | 9 (0.950) | 7/312 | 0.2 | 100% | coding (139/333 nt) | emrE | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
GGTATTGAGGGTATATAAAAGAACATCAATGGGAACACAATGATGAAACAGGTGAGTTGAGTTCAAACTGTAGTACAATTCTCTCCAGTTTGAACAGGAAAGAATATGCTATGAACCCTTATATTTATCTTGGTGGTGCAATACTTGCAGAGGTCATTGGTACAACCTTAATGAAGTTTTCAGAAGGTTTTACACGGTTATGGCCATCTGTTGGTACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATT > NC_000913/568205‑568691 | ggTATTGAGGGTATATAAAAGAACATCAATGGGAACACAATGATGAAACAGGTGAGTTGAGTTCAAACTGTAGTACAATTCTCTCCAGTTTGAACAGGAAAGAATATGCTATGAACCCTTAGATTTATCTTGGTGGTGCAATACTTGCAGAGGTCATTGGTACAACCTTAATGAAGTTTTCAGAAGGTTTTACACGGTTATGGCCATCTGTTGGTACAATTATTTGTTATTGTGCATCATTCTGGttattn < 1:40311/251‑2 (MQ=255) 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> 1:84209‑M1/1‑40 (MQ=255) gattcnnggnnncannctaGTTATTAGCTCAGACGCTGGNTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTANCNGNTCAGNNGTCNGTATTGTCCTNATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGAACTGCCANCNATTATAGGCATGCTGTTTATTTGTGCCGGTGNGTTGATTATTAATTTATTGTCACGNAGCAnnccnc < 2:165036‑M1/194‑1 (MQ=255) ggggccagtctaGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAAGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTgg < 1:8512‑M1/116‑1 (MQ=255) nggccagtctaGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttat < 1:136401‑M1/240‑1 (MQ=255) gccagtctaGTTATTAGCTCAGACGCTGGCTTATATTCCTACAGGGATTGCTGATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGAt > 1:103707‑M1/10‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |