| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,577,700 | G→A | L87F (CTT→TTT) | mcrC ← | Type IV methyl‑directed restriction enzyme EcoKMcrBC subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,700 | 0 | G | A | 92.9% | 31.1 / ‑5.4 | 14 | L87F (CTT→TTT) | mcrC | Type IV methyl‑directed restriction enzyme EcoKMcrBC subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (4/9); minor base C (0/1); total (4/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCAT > NC_000913/4577457‑4577905 | cacTGAGAACGAATTTCTAATAACGCGGATTTTTGCCGCAATTCAGATAGCGGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCGAAGGACCGGTAATTTTCGATAAAGTGACTGAGCGGCAGCTTTGAGAGTTGAATTTAACTTTTCAGGCTTAATTAATATGGCGAATGGTCTTTTGATAATTCTTGTAGCCAGAGTGTGTTCAGTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAg < 1:179117/251‑1 (MQ=255) tttttCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACGGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTGTAGCAAACTCTATTCg < 1:81945/250‑1 (MQ=255) tGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTGCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCgn < 1:31991/230‑2 (MQ=255) gagTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAAtcaagc < 1:58457/251‑1 (MQ=255) tCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCATGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGc < 1:238792/250‑1 (MQ=255) aGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAACATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTc < 1:199899/175‑1 (MQ=255) gAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAAccc < 1:58076/250‑1 (MQ=255) ngAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAAtcaagctcaa > 1:64688/2‑220 (MQ=255) cTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAACGTGCTTTTTATAATTAGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGCTTTCCCCTGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAATCTCTATTCGACCTTTGATGCCAGGACTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCtttattt > 1:115221/1‑251 (MQ=255) aattaatATGGCTAAGGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCATCTTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCTTGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTGGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGGTAGGAGTGTAATCAAGCTCAATCCCGCGGCGTGAAAGCGGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCgg < 1:104725/251‑1 (MQ=255) ggTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTcc < 1:12883/251‑1 (MQ=255) gCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGcc < 1:87863/104‑1 (MQ=255) nttCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGATTAATTTCCTGTAAATAACCCCAt > 1:53211/2‑251 (MQ=255) cATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAAATGGACGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATCCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTCAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCaaga > 1:116160/1‑181 (MQ=255) | CACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCAT > NC_000913/4577457‑4577905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |