| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,253,343 | C→T | L110L (CTG→TTG) | ubiA → | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,343 | 0 | C | T | 92.3% | 29.9 / ‑5.8 | 13 | L110L (CTG→TTG) | ubiA | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (6/6); total (6/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CGACACCGGGCGTTCCCCAGCTCTGGATCCTGGCGGTGTTTGTCGCGGGTGTCTGGCTGATGCGCGCTGCCGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGC > NC_000913/4253131‑4253539 | cGACACCGGGCGTTCCCCAGCTCTGGATCCTGGCGGTGTTTGTCGCGGGTGTCTGGCTGATGCGCGCTGCCGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTNg < 1:199050/251‑1 (MQ=255) gNTGCGCGCTGACGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTAc > 1:199727/1‑251 (MQ=255) gCCGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAgtggt > 1:187281/1‑251 (MQ=255) gCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGt < 1:220741/250‑1 (MQ=255) tGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCGAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGc < 1:106456/212‑1 (MQ=255) ggTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCANTTCNCAGCNGCNTTGTAACAGAGAAAGNGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACNNGNNNTNACGCTGaa < 2:173344/119‑1 (MQ=255) ggTCATGATAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTACCAGCGACAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGCTTTCGCTTTTATTGGTGCTGaagatgac > 1:173344/1‑112 (MQ=255) gAACCGACCACTTCCCAGCGGCGTGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTgn < 1:65257/207‑2 (MQ=255) gtggTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTggg < 1:70053/122‑1 (MQ=255) aCAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGc < 1:2390/251‑1 (MQ=255) ggCGCGCGCGCTGGTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGtat > 1:206495/1‑130 (MQ=255) cgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTg > 1:38262/1‑183 (MQ=255) cTGGTACTGATTTCGTTTTTATTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCt > 1:212279/1‑116 (MQ=255) | CGACACCGGGCGTTCCCCAGCTCTGGATCCTGGCGGTGTTTGTCGCGGGTGTCTGGCTGATGCGCGCTGCCGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGC > NC_000913/4253131‑4253539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |