| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,228,406 | C→T | L226F (CTC→TTC) | yjbB → | putative inorganic phosphate export protein YjbB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,228,406 | 0 | C | T | 90.0% | 23.8 / NA | 10 | L226F (CTC→TTC) | yjbB | putative inorganic phosphate export protein YjbB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (8/1); minor base G (0/1); total (8/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGGCAAACGGCGTTCAGGTGATCTTTGCCTCGCTGACCGGCGATATTCTGCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATCCTGCCGTTTGTCCATTTGCTGGCAGAGACAATGGGGAAGTTGTCATTGCCAAAAGCGGAACTGGTGATCTATTTC > NC_000913/4228196‑4228564 | cAGGCAAACGGCGTTCGGGTGATCTTTGCCTGGCTGCCCGGTGATTTTCTGCGGGATGCGTTGATTGGCGCGATTTTCCCCATTAGCAGCTCCTCCGGCTTTGCTGGTGTCCTGCGGCCCGCGGCTCGGTCCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCGCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCGCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGGTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTcgc < 1:138283/251‑1 (MQ=255) cAGGTGATCTTGCCCTCGCTCACGGGCGATTTTCGGCTGGATGCGCGGAGTGGCGCGTTGTGCGCCATTACCAGCTACCCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGGGACTCGGACCGCCGCAGGCATTAGCTCCTTCCCCGGGGCGCTCTGTCTGGGGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctgn < 1:30284/250‑2 (MQ=255) ccGGCGATATTCTGCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGATCGCCATTATCCGCTACTCCACCCTTGCTCCTGTACTGCTGACCACGACTCTGCCAGCCGCAGGCATTATCTCATTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTAAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTg > 1:178937/1‑251 (MQ=255) ctgctgGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGATGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATCCTGcc > 1:222147/1‑251 (MQ=255) gctgctGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGAGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATcc > 1:124928/1‑193 (MQ=255) nctgTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTgccgcc > 1:160381/2‑123 (MQ=255) ccGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCAGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCCACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATCCTGCCGTTTGTCCATTTGCTGGCAGAGACAATGGGGACGTTGTCATTGCCAAAAGCGGAACTGGTGATCTATTTc > 1:188096/1‑251 (MQ=255) gACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTATGGTGATTGGTGCTACACTCGGTTCAGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTGCCACCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATCCTGCCGTTTGTCCATTTGCTGGCAGAGACAATGGGGAAGTTGTCATTGCCAAAAGCGGAACTGGTGAt > 1:235852/1‑234 (MQ=255) cAGGCATTATCTCCTTCACCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGTTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCtggtg > 1:195301/1‑143 (MQ=255) ctgGCAATGTTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGCAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATc > 1:232498/1‑93 (MQ=255) | CAGGCAAACGGCGTTCAGGTGATCTTTGCCTCGCTGACCGGCGATATTCTGCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTGCTGTTTAAGCTGGTGGGTAGCCTGATTATCCTGCCGTTTGTCCATTTGCTGGCAGAGACAATGGGGAAGTTGTCATTGCCAAAAGCGGAACTGGTGATCTATTTC > NC_000913/4228196‑4228564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |