| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,111,819 | C→T | R319R (CGC→CGT) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,111,819 | 0 | C | T | 98.4% | 205.7 / NA | 62 | R319R (CGC→CGT) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/27); minor base G (0/1); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAACCCGGAGCATCGCACGGCGTTGATCATGCCTATCTGTAACGAAGACGTGAACCGTGTTTTTGCTGGCCTGCGTGCAACGTGGGAATCAGTAAAAGCCACCGGGAATGCCAAACACTTTGATGTCTACATTCTTAGTGACAGTTATAACCCGGATATCTGCGTCGCAGAGCAAAAAGCCTGGATGGAGCTTATCGCTGAAGTCGGTGGCGAAGGTCAGATTTTCTATCGCCGCCGCCGTCGCCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTA > NC_000913/1111575‑1112063 | tAAACCCGGAGCATCGCACGGCGTTGATCATGCCTATCTGTAACGAAGACGTGAACCGTGTTTTTGCTGGCCTGCGTGCAACGTGGGAATCAGTAAAAGCCACCGGGAATGCCAAACACTTTGATGTCTACATTCTTAGTGACAGTTATAACCCGGATATCTGCGTCGCAGAGCAAAAAGCCTGGATGGAGCTTATCGCTGAAGTCGGTGGCGAAGGTCAGATTTTCTATCGCCGCCGCCGTCGTCGCGTg > 1:108634/1‑251 (MQ=255) 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tATCGCCGCCGCCGTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATgg > 1:557203/1‑251 (MQ=255) aTCGCCGCCGCCGTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATCCGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATggg > 2:273644/1‑251 (MQ=255) aTCGCCGCCGCCGTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATggg < 2:109132/251‑1 (MQ=255) cgccgccgcCGGCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCTGTAATATCTATGCCTTCTGCCGTCTCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCTCGTGTATGGGcc < 2:651815/251‑1 (MQ=255) gccgccgccGTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGcc > 1:552446/1‑250 (MQ=255) gccgccgTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGAAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTg > 1:271073/1‑251 (MQ=255) ccgTCGTCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGTCACTGTTTa < 2:108634/251‑1 (MQ=255) | TAAACCCGGAGCATCGCACGGCGTTGATCATGCCTATCTGTAACGAAGACGTGAACCGTGTTTTTGCTGGCCTGCGTGCAACGTGGGAATCAGTAAAAGCCACCGGGAATGCCAAACACTTTGATGTCTACATTCTTAGTGACAGTTATAACCCGGATATCTGCGTCGCAGAGCAAAAAGCCTGGATGGAGCTTATCGCTGAAGTCGGTGGCGAAGGTCAGATTTTCTATCGCCGCCGCCGTCGCCGCGTGAAGCGTAAAAGCGGTAATATCGATGACTTCTGCCGTCGCTGGGGCAGCCAGTACAGCTACATGGTGGTGCTGGATGCTGACTCGGTAATGACCGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTA > NC_000913/1111575‑1112063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |