| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 917,753 | C→T | R427R (CGC→CGT) | ybjD → | DUF2813 domain‑containing protein YbjD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 917,753 | 0 | C | T | 98.5% | 207.0 / NA | 65 | R427R (CGC→CGT) | ybjD | DUF2813 domain‑containing protein YbjD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/30); minor base A (1/0); total (35/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCA‑GTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACATTTAACGGCGTTACCGGCGCTGGATATGGAACATTTTATGTATCGCCAGGGATTTTCCGATGTGTTCCACCGCATGGCGCAAATCCCGGAAAATGTACCGATGAATCTACGCAAAATTATCTCGAAAGCGATCCAT > NC_000913/917518‑917999 | ggCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGCCGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGCAACGGAAACCTGGGATATCACTGAACTGGCGCGTCA‑GTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCACGTCGAATGGGGATTGa > 1:290205/1‑250 (MQ=255)ggCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCA‑GTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGAACAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGTCGAATGGGGATTg < 1:152649/249‑1 (MQ=255) gTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCGTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCA‑GTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGTCGAATGGGGATTGAATgg < 2:328456/251‑1 (MQ=255) ggggCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGACGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTGCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTGGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTAGCAATGCACTGGCGCGTCA‑GTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGGCCGGGCTAAAGTCACTGGTTAAATTTGACCGTCGAATGGGGATTGAAttgc < 2:394631/248‑4 (MQ=255) 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cccAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGTCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACATTTAACGGCGTTACCGGCGCTGGATATGGAACATTTTATGTATCGCCAGGGATTTTCCGATGTGTTCCACCGCATGGCGCAAATCCCGGAAAATGTACCGATg > 1:107993/1‑251 (MQ=255) aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGTCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACATTTAACGGCGTTACCGGCGCTGGATATGGAACATTTTATGTATCGCCAGGGATTTTCCGATGTGTTCCACCGCATGGCGCAAATCCCGGAAAATGTACCGATGAAt > 1:108697/1‑251 (MQ=255) aGCCACTGGTTAAATTTGCCCGTCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACATTTAACGGCGTTACCGGCGCTGGATATGGAACATTTTATGTATCGCCAGGGATTTTCCGATGTGTTCCACCGCATGGCGCAAATCCCGGAAAATGTACCGATGAATCTACGCAAAAtt > 2:509256/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |