| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,267,804 | G→A | A231T (GCC→ACC) | tyrB → | tyrosine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,267,804 | 0 | G | A | 98.4% | 208.2 / ‑4.5 | 64 | A231T (GCC→ACC) | tyrB | tyrosine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (38/25); total (39/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
CCCCTGGTATGACGAAGCGACTAACGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCGCCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGA > NC_000913/4267557‑4268045 | ccccTGGTATGACGAAGCGACTAACGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCa < 1:593348/251‑1 (MQ=255) tATGACGAAGCGACTAACGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGATGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGACGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTCTCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTTGCACCATTGcc > 1:648959/1‑249 (MQ=255) aTGACGAAGCGACTAACGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTTTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAgc > 1:178856/1‑251 (MQ=255) aaCGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTCCCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTAccc < 1:135388/249‑1 (MQ=255) aCGGCGTGCGCTTTAATGACCGTTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGct < 2:461935/251‑1 (MQ=255) gcgcTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTg < 1:275179/250‑1 (MQ=255) gcTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGc > 1:52413/1‑251 (MQ=255) gACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGGATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAAttt > 2:234070/1‑251 (MQ=255) aCGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAAtttt > 1:16688/1‑251 (MQ=255) gAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTccc < 1:45904/251‑1 (MQ=255) 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aTGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCa > 1:455257/1‑188 (MQ=255) aTGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCa < 2:455257/188‑1 (MQ=255) cccAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAg < 1:534984/251‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCt < 1:229291/251‑1 (MQ=255) 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cGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCAGTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTTCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGcct < 2:648959/251‑3 (MQ=255) tATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTg > 1:106572/1‑250 (MQ=255) aaGAGGATGCCTACGCTATTCGAACCATTGCCAGCGCTGGATTACACGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGGCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGGAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGAAGGAGGTGGCTGCAGAGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGcc > 2:472009/1‑251 (MQ=255) agagGATGCCTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGcc > 2:155499/1‑250 (MQ=255) ccTACGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAgctggctg < 1:174256/251‑1 (MQ=255) aCGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCtggctggc < 1:571830/250‑1 (MQ=255) cGCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCgg > 1:620998/1‑251 (MQ=255) gCTATTCGCACCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGa < 2:71931/251‑1 (MQ=255) | CCCCTGGTATGACGAAGCGACTAACGGCGTGCGCTTTAATGACCTGTTGGCGACGCTGAAAACATTACCTGCCCGCAGTATTGTGTTGCTGCATCCATGTTGCCACAACCCAACGGGTGCCGATCTCACTAATGATCAGTGGGATGCGGTGATTGAAATTCTCAAAGCCCGCGAGCTTATTCCATTCCTCGATATTGCCTATCAAGGATTTGGTGCCGGTATGGAAGAGGATGCCTACGCTATTCGCGCCATTGCCAGCGCTGGATTACCCGCTCTGGTGAGCAATTCGTTCTCGAAAATTTTCTCCCTTTACGGCGAGCGCGTCGGCGGACTTTCTGTTATGTGTGAAGATGCCGAAGCCGCTGGCCGCGTACTGGGGCAATTGAAAGCAACAGTTCGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGA > NC_000913/4267557‑4268045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |