| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,950,830 | C→T | intergenic (+273/‑1371) | ilvX → / → ilvM | uncharacterized protein IlvX/acetolactate synthase II subunit IlvM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,950,830 | 0 | C | T | 99.1% | 358.5 / NA | 112 | intergenic (+273/‑1371) | ilvX/ilvM | uncharacterized protein IlvX/acetolactate synthase II subunit IlvM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (67/44); minor base G (0/1); total (67/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTAT‑CGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACCAACCTGATAACCGGGCTTGCGGACGCAC‑TGTTAGATTCCATCCCTGTTGTTGCCATCACCGGTCAAGTGTCCGCACCGTTTATCGGCACTGACGCATTTCAGGAAGTGGATGTCCTGGGATTGTCGTTAGCCTGTACCAAGCACAGCTTTCTGGTGCAGTCGCTGGAAGAGTTGCCGCGCATCATGGCTGAAGCATTCGACGTTGCCTGCTCAGGTCGTCCTGGTCCGGTTCTGGTCGATATCCCAAAAGATATCCAGTTAGCCAGCGGTGACCTGGAACCGTGGTTCA > NC_000913/3950587‑3951076 | gCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTAT‑CGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACCAACCTGATAACCGGGCTTGCGGACGCAC‑TGTTAGATTCCATCTCtgttg < 2:215777/250‑1 (MQ=255) ggtGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTACGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACAGGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTAT‑CGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACCAACCTGATAACCGGGCTTGCGGACGCAC‑TGTTAGATTCCATCTCTGttgttg < 2:264958/249‑1 (MQ=255) gTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTAT‑CGCCACGTCTGGTCCGGGCGCCACCAACCTGATAAACGGGCTTGCGGACGCAC‑TGTTAGATTCCATCTCTGttgttg > 2:411827/1‑251 (MQ=255) gTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTAT‑CGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACCAACCTGATAACCGGGCTTGCGGCCGCAC‑TGTTAGATTCCCTCTCTGttgttg > 2:93035/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |