| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 631,633 | G→A | W580* (TGG→TGA) | cstA → | pyruvate transporter CstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 631,633 | 0 | G | A | 98.6% | 228.5 / NA | 72 | W580* (TGG→TGA) | cstA | pyruvate transporter CstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (32/39); minor base C (1/0); total (33/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
GCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGT > NC_000913/631387‑631877 | gCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTg < 2:132208/250‑1 (MQ=255) aTCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTACCCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGAGGGGTCGATCCGATGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGGTGCTCTTTGCCGTGGGGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTg > 1:85203/1‑251 (MQ=255) ctgctgGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCt < 1:268979/248‑1 (MQ=255) ctgctgGGCGTGGAGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTGCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGCATTGCCAACCAGATGATGGCAGGGATGGCGCCGGTGCTCTGTGCCGGGGTGTTGTTCAAGATGAAAAGTCAACGGTACGCCTGAGGGGCGCt > 2:268979/1‑248 (MQ=255) gtggtgTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGc > 1:155034/1‑251 (MQ=255) tctcCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGCGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGgct > 1:211787/1‑251 (MQ=255) ccTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTTCCAACGGCCTGgctgc < 1:370901/250‑1 (MQ=255) ccTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTGCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGgct < 1:409662/248‑1 (MQ=255) cTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAATCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGctgctg > 1:632623/1‑251 (MQ=255) ccgnaaGCGGACCGATTCACTGCCTTCTAACCTGCTGGCACCAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTTGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGAttt < 2:592865/247‑1 (MQ=255) cTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTACCCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTAATTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCCGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTTCGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGTCCTGGCTGCTGATTTg > 2:429302/1‑251 (MQ=255) aGCGGACCGATTCACTGCCTGCTACCCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGCTCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTGTTGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTTGCGCTGGTACCAACGGCCTTGCTGCTGATTTGTAcc < 1:381262/251‑1 (MQ=255) cACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAgg < 1:422639/250‑1 (MQ=255) 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gCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGccc > 1:661331/1‑251 (MQ=255) gCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGccc < 1:656493/251‑1 (MQ=255) aaCAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCCGGGCGTGGTAGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCAAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCGAGATGGAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAATCGGTTAGCCCgg > 1:26288/1‑251 (MQ=255) aaCAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCgg < 2:322072/251‑1 (MQ=255) cAGCGCTGGGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGAt < 2:571828/251‑1 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGGGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGGACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATTCGaa > 2:242495/1‑250 (MQ=255) 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gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCta > 2:640170/1‑229 (MQ=255) aTCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGAACGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGAc > 1:641040/1‑251 (MQ=255) tCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGAc > 2:564831/1‑250 (MQ=255) ccGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGAc > 1:325256/1‑249 (MQ=255) aaactactgataaataagaaacattgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAg < 2:189283/227‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGAGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGc < 2:514027/251‑1 (MQ=255) 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GCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAG‑AAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGT > NC_000913/631387‑631877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |