| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,615,427 | C→T | P63S (CCG→TCG) | nikB → | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,615,427 | 0 | C | T | 96.6% | 180.2 / NA | 60 | P63S (CCG→TCG) | nikB | Ni(2(+)) ABC transporter membrane subunit NikB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (36/21); total (37/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCTACGCGCCGATCGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGTTTCTTGGCGTG > NC_000913/3615182‑3615669 | cccTACGCGCCGATCGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTg > 2:96200/1‑251 (MQ=255) gcCGATCGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTcc > 1:56161/1‑250 (MQ=255) gcCGATCGCCACCGAAATTCAGTTCGAACAGATTAAACAGGTGAAACCTTCCTGATGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGGGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGCCTGGATCAGTCGCTGTACGTcc > 2:339589/1‑250 (MQ=255) tCGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCCTGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACg > 1:162636/1‑251 (MQ=255) cGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACg < 1:68667/250‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGc > 1:20089/1‑251 (MQ=255) gCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGATGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGTTGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTCCGGc > 1:344983/1‑251 (MQ=255) 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gcTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTg > 1:390852/1‑251 (MQ=255) gcTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACACGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGCAGGCGCTGCCTCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCCGCCAACGCCCGGTACTg > 2:217767/1‑251 (MQ=255) tCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCGCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGTCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTGGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGAc < 1:127343/250‑1 (MQ=255) 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gATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCTCTGCATCTTGACTTTTGAATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGTACGATATGCTg > 2:336150/1‑250 (MQ=255) ccGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCTACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGGCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGTCGCTGCAGCTTGACTTTTGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACtt < 1:363875/251‑1 (MQ=255) cTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGAGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTCCGTCCAGTACGGCACCTGGTTGCGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGAATCTCATTCGCCAGCCCACGCCCGCTACTGGACgcaatgctctgatccctgcccgc > 1:328211/1‑229 (MQ=255) 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ccTCGGTTATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGTTACTGGCCGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTg < 1:310382/251‑1 (MQ=255) gATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACtt < 1:96200/250‑1 (MQ=255) aTTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAgg > 1:162509/1‑251 (MQ=255) gATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACATGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGgcgc > 2:255531/1‑251 (MQ=255) gctgcGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCACGCTTATTTGCGCCTGTCTAACCTGCGGCCGACGCCGGAGATGCTGGCATCTACCCCCACCACGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGCACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTGTCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGCACTGGCCGATATGCTGCACTTCCTTCCCGCCCCGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTgg > 2:114326/1‑251 (MQ=255) gctgcCCCCCGGTCCCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCGTCCGCCGCCGCCGTAGATGCTGGCCTCTACCCGCCCCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCCCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTgg < 2:258721/251‑1 (MQ=255) 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ccGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGt > 1:168589/1‑251 (MQ=255) cTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGcc > 2:114206/1‑250 (MQ=255) agATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTc < 2:306747/249‑1 (MQ=255) 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gaTGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGAtt < 1:4347/251‑1 (MQ=255) tGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGcc > 1:93245/1‑251 (MQ=255) ccTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTa < 1:168358/251‑1 (MQ=255) ccATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGCCCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCCTcgcg > 2:131569/1‑251 (MQ=255) cATGCTGGGACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGt > 1:376712/1‑251 (MQ=255) gACTGGATCAGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGTTTCTTGGc > 2:293461/1‑251 (MQ=255) aCTGGATCAGTCGCTGTCCGTCCAGTACGGCCCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATCCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGTTTCTTGGCg < 2:101167/251‑1 (MQ=255) tGGATCCGTCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGTTTCTTGGCgtg > 1:107664/1‑251 (MQ=255) | CCCTACGCGCCGATCGCCACCGAAATTCCGTTCGAACAGATTAAACCGGTGAAACCTTAATGTTGCGTTACGTATTACGCCGCTTTCTGCTGCTGATCCCGATGGTGCTCGCCGCCTCGGTGATCATTTTTCTGATGCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTCACTTCCGTACCGCTCGGTATCTGGGCGGCGCGCCATCGCGACCGTCTGCCGGATTTCGCCGTACGTTTCATCGCGTTTCTTGGCGTG > NC_000913/3615182‑3615669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |