| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,524,603 | C→T | A578V (GCG→GTG) | mrcA → | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,524,603 | 0 | C | T | 96.4% | 172.6 / ‑2.1 | 56 | A578V (GCG→GTG) | mrcA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (25/29); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
GCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACATTGTCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGCGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCAATGCCGCAGCTGGA > NC_000913/3524356‑3524834 | gCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGCACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACCTTGTCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCCATGCAGGTGGCGCGCCGCTACGCGGt > 2:394065/1‑251 (MQ=255) aCTGGCAGCCGAAGAACTCTCCACCGCAGTATGCTGTTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCCGGGTCAGTCGAAACACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACATTGTCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACggcggc < 1:286728/251‑1 (MQ=255) ggCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTTCGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACATTGGCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGCGGTCATGGCGAACGGCGGCTTc < 1:394065/251‑1 (MQ=255) aGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACATTGTCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCtg < 1:5934/251‑1 (MQ=255) 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gCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGt > 2:326526/1‑251 (MQ=255) gCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGt < 2:67955/251‑1 (MQ=255) ccTTCACCCCAATGCAGGGGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGATTCCTGGTGGACCCGTGGTTTAGCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGAGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTTCTGGATAATACCGAAGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCa < 2:332096/251‑1 (MQ=255) cACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGACTGTTTCTGTACCAATGc > 2:401227/1‑251 (MQ=255) aaTGCAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGAGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCAATGCCGCAGc > 1:287031/1‑251 (MQ=255) cAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCTAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCAATGCCGCAGCTGGa < 1:18421/251‑1 (MQ=255) cAGGTGGCGCGCGGCTACGTGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCAATGCCGCAGCTGGa < 1:303676/251‑1 (MQ=255) | GCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGCTTCGGCTTCCCGGCACAAAACATTGTCCACACCGAATCGCTGGCGCTGGGTTCAGCGTCCTTCACCCCAATGCAGGTGGCGCGCGGCTACGCGGTCATGGCGAACGGCGGCTTCCTGGTGGACCCGTGGTTTATCAGCAAAATTGAAAACGATCAGGGCGGCGTGATTTTCGAAGCGAAACCGAAAGTAGCCTGCCCGGAATGCGATATTCCGGTGATTTACGGTGATACGCAGAAATCGAACGTGCTGGAAAATAACGATGTTGAAGATGTCGCTATCTCCCGCGAGCAGCAGAATGTTTCTGTACCAATGCCGCAGCTGGA > NC_000913/3524356‑3524834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |