| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,996,126 | G→A | G182R (GGA→AGA) | yigA → | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,996,126 | 0 | G | A | 98.5% | 237.6 / ‑6.2 | 67 | G182R (GGA→AGA) | yigA | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (28/37); minor base C (1/0); total (29/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
GTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAGCGCCAGCTTAGCCCGATAACCCTGCTTAACT > NC_000913/3995884‑3996371 | gTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTg > 2:163073/1‑251 (MQ=255)gTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGGGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACGATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGCAAGTGGTGAGATCGGTg > 1:287706/1‑251 (MQ=255) cgacgaTATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGc < 1:163073/249‑1 (MQ=255) gATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTgg > 1:317456/1‑251 (MQ=255) tttCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCg > 2:78819/1‑250 (MQ=255) cACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATTCTGGGAAGCGATGc < 2:32296/251‑1 (MQ=255) cACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATg < 2:348363/250‑1 (MQ=255) ggggCGCGCGATCGCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGACTGTTTCCGGGTCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGAttt < 2:83953/250‑1 (MQ=255) gggCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGGTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTg < 1:381875/251‑1 (MQ=255) gggCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGAtt < 1:398303/249‑1 (MQ=255) gATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCCGCGCCTGTTTCCGGATCGATGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATAGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGGGTCgg > 2:187112/1‑250 (MQ=255) gCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTAcc > 1:199899/1‑249 (MQ=255) aGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTc < 2:34654/251‑1 (MQ=255) 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cGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑Gc > 1:255654/1‑250 (MQ=255) gAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTAACAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGaa > 2:231816/1‑250 (MQ=255) gAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTCTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGaa > 2:351465/1‑250 (MQ=255) 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aCCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTg > 1:224368/1‑251 (MQ=255) aCCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTg > 2:104809/1‑251 (MQ=255) ccGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTg > 1:280562/1‑250 (MQ=255) ccGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCCCTGATGTTGCCGTAGCTTCTGGATCGTTGGATTGa < 2:161599/251‑1 (MQ=255) cGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGaa < 1:152192/251‑1 (MQ=255) cGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGa > 2:299729/1‑250 (MQ=255) 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gctgctGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAgcg < 1:78819/251‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAgcgc > 2:182656/1‑251 (MQ=255) tgctgGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGAGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAGCGcc > 2:120840/1‑251 (MQ=255) 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GTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGG‑GCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAGCGCCAGCTTAGCCCGATAACCCTGCTTAACT > NC_000913/3995884‑3996371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |