| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 924,859 | T→C | R532R (CGT→CGC) | clpA → | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 924,859 | 0 | T | C | 96.5% | 184.0 / ‑4.2 | 58 | R532R (CGT→CGC) | clpA | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (31/25); minor base G (0/2); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
AAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGTACGGGAAACTGAGCG > NC_000913/924612‑925104 | aaaaCCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGCACGCCATACCGTCAGCCGCCtt > 1:371286/1‑251 (MQ=255) 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cGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTcc < 2:393293/251‑1 (MQ=255) ttGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCggg > 1:135247/1‑251 (MQ=255) aaaaTGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGACGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCATGACAATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATa < 1:390812/251‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGTCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATa < 1:178426/251‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATa < 1:220000/251‑1 (MQ=255) ggacgtCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGGAGCCACTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAGTCCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGTCGGCACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTTCGCTTTGATATGTCCGATTGTATGGAACGCCGTACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGtt < 1:428471/246‑1 (MQ=255) 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atatGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGcc > 1:289126/1‑251 (MQ=255) tGGAACGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGCTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGAAGGTGATGGATAACGGAACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTACCGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCggg > 2:353487/1‑251 (MQ=255) aCGCCATACCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCAGCCACATGCGGTGCTGCTGCTTGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGGTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGTAc < 1:448950/251‑1 (MQ=255) aCCGTCAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGACGACCACCAACGCCGGGGTACGGGAAAc > 2:97352/1‑251 (MQ=255) cAGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGTACGGGAAACTGAgc < 1:386392/251‑1 (MQ=255) aGCCGCCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGTACGGGAAACTGAgcg > 2:259828/1‑251 (MQ=255) | AAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGTACGGGAAACTGAGCG > NC_000913/924612‑925104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |