| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 434,848 | G→A | A68T (GCT→ACT) | ribE → | 6,7‑dimethyl‑8‑ribityllumazine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 434,848 | 0 | G | A | 95.5% | 117.9 / ‑5.1 | 44 | A68T (GCT→ACT) | ribE | 6,7‑dimethyl‑8‑ribityllumazine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (22/20); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCGGGGCCATACTCGAACCCGAAGGAAGAAAATGAACATTATTGAAGCTAACGTTGCTACCCCGGACGCTCGCGTCGCCATCACCATCGCGCGTTTCAACAACTTTATCAATGACAGCCTGCTGGAAGGTGCAATTGACGCACTGAAACGTATCGGTCAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGGCTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAACAAAGGTGCAGAA‑GCTGCACTGACCGCGCTTGAAATGATTA > NC_000913/434614‑435091 | cTGCGGGGCCATACTCGAACCCGAAGGAAGAAAATGAACATTATTGAAGCTAACGTTGCTACCCCGGACGCTCGCGTCGCCATCACCATCGCGCGTTTCAACAACTTTATCAATGACAGCCTGCTGGAAGGTGCAATTGACGCACTGAAACGTATCGGTCAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGGGCACTGACTAAAACCGGTAAAt > 1:101166/1‑250 (MQ=255) 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cAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGACTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGAt < 1:207391/251‑1 (MQ=255) ggaaaaGATGAGAACATTTCGGTTGCTTGGGTGCCTGGGTACTATGAGCTGCCTCTGGGGGCGGGTGCACTGACTAAAGCCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGATTAGGCGTGGTGGCACTGCCCACTGTGAATATGTCGCTGGTGGTGTAAGCAACGGCTTGGCGCATGTGTCCCAGTGCAGCGAAATTCCGGTGGCGTTTGTTGTTCTGACCACTGAAATCACTGAACAAGCGACCGa < 2:31068/249‑1 (MQ=255) aTTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGGCTAAAACCCGTAAATACGGCGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTTGGGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGCGGGGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTATGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAAAGTGCTGGTACCa > 1:213649/1‑250 (MQ=255) 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cggcggGTGCACTGACTAAAAACGGGAAATACGACGCGGGGATTGCGCCGGGGACGGGTATTCGTGGGGGCACTGCCCACTTTGCATATGTCGCTGGGGGTGCAAACAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAAATCCGGGTGCTTTTTGGGGTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAACTGGCAAAAAAAGGGCAGAA‑GCTGCACTGACCGCGCTTGa > 1:160255/1‑250 (MQ=255) ggcggGTGCACTGACTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAAAAAAGGTGCAGAA‑GCTGCACTGACCGCGCTTGaa > 1:449143/1‑250 (MQ=255) gggTGCACTGACTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAACAAAGGTGCATAA‑GCTGCACTGACCGCTCTTGAAATGa < 2:423396/251‑1 (MQ=255) gCACTGACTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAACAAAGGTGCAGAA‑GCTGCACTGACCGCGCTTGAAATGATTa > 1:78588/1‑250 (MQ=255) | CTGCGGGGCCATACTCGAACCCGAAGGAAGAAAATGAACATTATTGAAGCTAACGTTGCTACCCCGGACGCTCGCGTCGCCATCACCATCGCGCGTTTCAACAACTTTATCAATGACAGCCTGCTGGAAGGTGCAATTGACGCACTGAAACGTATCGGTCAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGGCTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAACAAAGGTGCAGAA‑GCTGCACTGACCGCGCTTGAAATGATTA > NC_000913/434614‑435091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |