| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,120,661 | G→A | intergenic (‑75/+40) | solA ← / ← bssS | N‑methyl‑L‑tryptophan oxidase/regulator of biofilm formation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,120,661 | 0 | G | A | 97.3% | 118.4 / NA | 37 | intergenic (‑75/+40) | solA/bssS | N‑methyl‑L‑tryptophan oxidase/regulator of biofilm formation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (22/14); minor base T (0/1); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGGCACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTGCAAACGCAACATCAGCGCATCATAGCTATCAACGGTGCTGAT > NC_000913/1120416‑1120904 | gCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGAGGCGGTGGCATATGGGCGACGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGATGCCAATAATGATGAGCTAGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTCACTGAATGCAGATATACAACCCAGACATGGTAAAGACACCg > 2:283992/1‑251 (MQ=255) ttCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCAAGAAATGGTAAAGACACCGGTg > 1:441349/1‑251 (MQ=255) ccATAAGCATGGTGAATTAATCGTGTATCGGCGTGGTTGCTGCCGTGTTGATGCGGTTGCATATGGGCGTCTGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGTGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAATCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGGGAgat < 2:241890/251‑3 (MQ=255) cATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTg > 1:366644/1‑251 (MQ=255) aaGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGGTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCt > 1:101708/1‑251 (MQ=255) cgTATCGCCGTGGTGGCTGCCGCGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGCCGGCCATTAGTACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAGTGCAGATATACAACCCAGAACTGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGgtcatgt > 2:243761/1‑251 (MQ=255) gTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGgtcatgtc > 2:7561/1‑251 (MQ=255) cGCCGTGGTGGCTGCAGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCAAGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTcatgtcatgt > 1:83360/1‑251 (MQ=255) gCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGtt < 1:7356/251‑1 (MQ=255) gtggCTGACGAGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGAc > 2:8122/1‑251 (MQ=255) gCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTGTAAACCGGCGCGTGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTCTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGAt < 2:148939/251‑1 (MQ=255) cGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATAc < 2:257676/251‑1 (MQ=255) tGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGtt > 1:378931/1‑251 (MQ=255) gCGGTGGCATAGGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAATAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTAc < 1:185011/250‑1 (MQ=255) cGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTc > 1:274497/1‑250 (MQ=255) aTTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAAtttt > 1:89625/1‑251 (MQ=255) aGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGc > 2:443451/1‑251 (MQ=255) aaaCCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGc > 1:429540/1‑251 (MQ=255) aCCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCtt < 1:88308/251‑1 (MQ=255) ggTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTgg > 1:431404/1‑230 (MQ=255) ggTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTgg < 2:431404/230‑1 (MQ=255) ggcggcAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTgg > 1:191602/1‑251 (MQ=255) ggcggcAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACCCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCATGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTgg > 2:11418/1‑251 (MQ=255) cAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATAc > 2:12851/1‑176 (MQ=255) cAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATAc < 1:12851/176‑1 (MQ=255) ggAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAAGAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTa < 1:23721/251‑1 (MQ=255) ggAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGGATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCATGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGtt > 2:431782/1‑250 (MQ=255) gatgaGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCaa < 2:366644/251‑1 (MQ=255) aTCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTATTATCGAAATAAATTTTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGAGTCTGACCAACTTc > 2:266338/1‑249 (MQ=255) aTTTCATTTTTTGCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACACCCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTAGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCt < 1:59121/251‑1 (MQ=255) tctctGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACtt > 1:124349/1‑251 (MQ=255) tctGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGa < 2:373068/177‑1 (MQ=255) tctGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGa > 1:373068/1‑177 (MQ=255) aaGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGTCACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTg < 1:290773/251‑1 (MQ=255) agagTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTGCaa > 1:285942/1‑250 (MQ=255) gTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTGCAAACGc < 2:378931/251‑1 (MQ=255) ggTAAAGACACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATTCTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTGCAAACGCAACATCAGCGCATCATAGCTATCAACGGTGCTGAt < 2:191602/251‑1 (MQ=255) | GCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCAGCGCCTACGGAACCGCTGCCAATAATGATGAGATCGTATTTCATTTTTTTCTCTCTGCTCTCATGGTTTAAGCAGAGTAATTAACTGAATGCAGATATACAACCCAGAAATGGTAAAGGCACCGGTGAGGTGCCTTTTGGGTGGATGGTCATGTCATGTTAATGACGCCGATACTCGTTTACCTGGAAATCACCGGATTCAATTTTGGCGATTCCTGCTTCTAATATCGAAATAAATTGTCTGGCAACATCAGTGGTTAACCAGAGCGTCTGACCAACTTCAGTCCCTTCCTGCTCGGACTTATTTGGGGTCTGGTAGTGCAAACGCAACATCAGCGCATCATAGCTATCAACGGTGCTGAT > NC_000913/1120416‑1120904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |